More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2160 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 400 aa  800    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  51.66 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  42 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  37.26 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  35.03 
 
 		 400 aa  199  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 362 aa  189  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  35.11 
 
 		 377 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  36.15 
 
 		 375 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  33.75 
 
 		 377 aa  176  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  31.86 
 
 		 374 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  36.65 
 
 		 355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 374 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 374 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  38.43 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  34.89 
 
 		 374 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  34.15 
 
 		 374 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 		 374 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  35.62 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  35.62 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 377 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  32.42 
 
 		 376 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 376 aa  162  9e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  30.03 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  31.23 
 
 		 418 aa  159  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  31.69 
 
 		 376 aa  159  8e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  37.38 
 
 		 343 aa  156  7e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  37.86 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  36.2 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  30.67 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 		 386 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  35.19 
 
 		 340 aa  147  5e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  37.38 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  37.38 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 467 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  34.05 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  30.69 
 
 		 380 aa  123  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 569 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  28.75 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  33.84 
 
 		 562 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 567 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 		 426 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 		 351 aa  112  9e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  27.55 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  30.7 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  34.74 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  31.67 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  28.33 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.12 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 400 aa  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3200  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 590 aa  103  8e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1462  small-conductance mechanosensitive channel protein  26.82 
 
 		 373 aa  102  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  27.39 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  25.44 
 
 		 299 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  30.46 
 
 		 341 aa  100  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 		 362 aa  99.8  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  28.19 
 
 		 369 aa  99.4  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 354 aa  97.8  3e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  27.13 
 
 		 624 aa  96.7  6e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 391 aa  95.1  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  25.31 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  27.42 
 
 		 364 aa  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  31.53 
 
 		 286 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  31.53 
 
 		 286 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  31.53 
 
 		 286 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  31.53 
 
 		 286 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  31.53 
 
 		 286 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 		 388 aa  90.1  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  24.36 
 
 		 543 aa  89.7  8e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  30.86 
 
 		 286 aa  89  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  25.56 
 
 		 343 aa  89  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  30.86 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  27.75 
 
 		 413 aa  89  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1943  MscS mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 		 533 aa  88.2  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000658199  decreased coverage  0.00758396 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  28.69 
 
 		 662 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  26.38 
 
 		 359 aa  88.6  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  30.86 
 
 		 286 aa  89  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  24.65 
 
 		 633 aa  87.4  4e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  25.56 
 
 		 343 aa  87  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 298 aa  87  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  26.79 
 
 		 383 aa  87  5e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  25.56 
 
 		 343 aa  87  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  25.56 
 
 		 343 aa  87  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>