More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0579 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 440 aa  874    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  73.85 
 
 		 439 aa  655    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  73.04 
 
 		 437 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  72.35 
 
 		 437 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  37.83 
 
 		 451 aa  294  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  40.62 
 
 		 432 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 		 475 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  39.49 
 
 		 432 aa  282  7.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  37.39 
 
 		 456 aa  246  4.9999999999999997e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  33.41 
 
 		 435 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  38.03 
 
 		 435 aa  206  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  37.4 
 
 		 448 aa  204  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 322 aa  202  9.999999999999999e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  37.54 
 
 		 428 aa  199  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.46 
 
 		 450 aa  190  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.13 
 
 		 450 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.13 
 
 		 450 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  38.13 
 
 		 449 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  38.13 
 
 		 449 aa  189  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  38.13 
 
 		 450 aa  189  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  35.77 
 
 		 321 aa  189  9e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.13 
 
 		 450 aa  189  9e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  37.79 
 
 		 450 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  34.57 
 
 		 444 aa  187  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  36.12 
 
 		 460 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  34.93 
 
 		 460 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 		 451 aa  180  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  33.04 
 
 		 429 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 479 aa  179  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  30.67 
 
 		 458 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  33 
 
 		 420 aa  177  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  35.76 
 
 		 451 aa  177  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  34.04 
 
 		 457 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  35.64 
 
 		 451 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  34.15 
 
 		 435 aa  171  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 452 aa  167  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  33.55 
 
 		 451 aa  163  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  34.63 
 
 		 447 aa  162  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  34.16 
 
 		 427 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  33.91 
 
 		 437 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 456 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  30.3 
 
 		 441 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  35.77 
 
 		 825 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  30.87 
 
 		 832 aa  159  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  36.79 
 
 		 454 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  35.08 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  34.83 
 
 		 457 aa  156  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  38.13 
 
 		 462 aa  156  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 299 aa  156  8e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  31.34 
 
 		 422 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  36.79 
 
 		 461 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  29.53 
 
 		 806 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 412 aa  150  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  36.45 
 
 		 461 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  36.45 
 
 		 505 aa  146  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 		 845 aa  145  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 859 aa  143  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 		 1235 aa  143  7e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 447 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  30.74 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 849 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  31.1 
 
 		 447 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  29.7 
 
 		 830 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  27.51 
 
 		 685 aa  140  4.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 		 862 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 427 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 427 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 		 785 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 874 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  29.71 
 
 		 891 aa  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  32.17 
 
 		 847 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 847 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 840 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  30.84 
 
 		 1144 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 		 752 aa  135  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 860 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 795 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  28.72 
 
 		 298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  30.19 
 
 		 301 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  26.17 
 
 		 842 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  31.13 
 
 		 444 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  28.5 
 
 		 637 aa  133  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  30.45 
 
 		 1107 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 		 864 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 843 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  27.02 
 
 		 636 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  27.12 
 
 		 636 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 843 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  30.43 
 
 		 825 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  29.45 
 
 		 1103 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 844 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  34.63 
 
 		 753 aa  129  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>