More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2330 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  84.29 
 
 
447 aa  686    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  94.08 
 
 
457 aa  793    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
458 aa  904    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  66.45 
 
 
457 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  67.05 
 
 
456 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  49.32 
 
 
451 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  49.65 
 
 
460 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  50.24 
 
 
460 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  49.88 
 
 
451 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  48.79 
 
 
451 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.02 
 
 
450 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  48.02 
 
 
449 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.02 
 
 
450 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  48.02 
 
 
449 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  48.25 
 
 
450 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.02 
 
 
450 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  48.02 
 
 
450 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  47.79 
 
 
450 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  49.65 
 
 
454 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  49.42 
 
 
505 aa  350  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  48.96 
 
 
461 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  47.96 
 
 
462 aa  347  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  48.72 
 
 
461 aa  345  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  39.9 
 
 
435 aa  287  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  42.69 
 
 
420 aa  277  4e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 
444 aa  257  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  39.39 
 
 
451 aa  247  3e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 
427 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  34.68 
 
 
429 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  37.53 
 
 
435 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  38.07 
 
 
426 aa  230  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  38.48 
 
 
412 aa  229  6e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  36.44 
 
 
452 aa  209  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  35.51 
 
 
422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  39.26 
 
 
427 aa  196  6e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  39.45 
 
 
427 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  37.83 
 
 
437 aa  193  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.28 
 
 
322 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  35.96 
 
 
439 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  34.11 
 
 
437 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 
451 aa  180  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  33.43 
 
 
440 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  34.32 
 
 
437 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  33.44 
 
 
456 aa  177  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 
432 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 
435 aa  167  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  37.41 
 
 
432 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  34.96 
 
 
299 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  35.61 
 
 
291 aa  157  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.62 
 
 
806 aa  156  7e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  33.78 
 
 
479 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 
428 aa  154  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 
298 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  34.77 
 
 
859 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  34.24 
 
 
1144 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  33.11 
 
 
475 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  34.04 
 
 
321 aa  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  33.7 
 
 
832 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  33.56 
 
 
1127 aa  143  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  32.93 
 
 
825 aa  143  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  34.46 
 
 
840 aa  143  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  31.33 
 
 
448 aa  143  7e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  32.31 
 
 
843 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 
844 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 
860 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 
874 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  35.86 
 
 
752 aa  139  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 
637 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  32.27 
 
 
867 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 
910 aa  137  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 
909 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 
845 aa  136  7.000000000000001e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 
909 aa  136  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  32.99 
 
 
636 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 
947 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 
866 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  37.31 
 
 
636 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  34.98 
 
 
472 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  35.14 
 
 
1120 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  35.14 
 
 
1120 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  36.32 
 
 
1133 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  35.14 
 
 
1120 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  37.5 
 
 
1115 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  37.24 
 
 
1120 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  37.24 
 
 
1118 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  37.24 
 
 
1120 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  37.24 
 
 
1118 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  37.24 
 
 
1118 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 
843 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  31.23 
 
 
868 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  31.21 
 
 
495 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  30.6 
 
 
1103 aa  130  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 
447 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  30.39 
 
 
441 aa  130  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  31.92 
 
 
825 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 
447 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
842 aa  130  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  33.76 
 
 
1108 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  33.76 
 
 
1108 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  33.76 
 
 
1108 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>