More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0757 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 479 aa  981    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  61.64 
 
 		 441 aa  543  1e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  38.97 
 
 		 322 aa  212  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  30.95 
 
 		 432 aa  195  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 456 aa  192  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  34.92 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 451 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 		 451 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  32.19 
 
 		 432 aa  177  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  26.91 
 
 		 475 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 437 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 440 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  29.67 
 
 		 451 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 460 aa  167  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 460 aa  167  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  28.27 
 
 		 429 aa  165  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 437 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  33.7 
 
 		 291 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 451 aa  160  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  28.61 
 
 		 451 aa  160  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  29.36 
 
 		 444 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  32.47 
 
 		 298 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  36.14 
 
 		 450 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  36.59 
 
 		 301 aa  157  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  36.14 
 
 		 450 aa  157  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  36.14 
 
 		 449 aa  157  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  36.14 
 
 		 449 aa  157  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  36.14 
 
 		 450 aa  157  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  36.14 
 
 		 450 aa  157  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  36.14 
 
 		 450 aa  157  6e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  35.74 
 
 		 450 aa  156  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  24.04 
 
 		 439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  31.5 
 
 		 795 aa  154  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  34.98 
 
 		 435 aa  154  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  32.17 
 
 		 448 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  34.39 
 
 		 420 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  29.27 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.19 
 
 		 806 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  32.46 
 
 		 864 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  30.79 
 
 		 427 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  33.75 
 
 		 457 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  31.76 
 
 		 784 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  32.96 
 
 		 859 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  33.78 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  32.53 
 
 		 299 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  36.22 
 
 		 636 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  36.22 
 
 		 636 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  32.86 
 
 		 832 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  33.33 
 
 		 287 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  32.38 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  31.59 
 
 		 457 aa  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  32.69 
 
 		 842 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  33.66 
 
 		 685 aa  139  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  38.36 
 
 		 840 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 752 aa  137  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 		 807 aa  137  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  33.91 
 
 		 637 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  38.25 
 
 		 796 aa  136  9e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 447 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  31.41 
 
 		 845 aa  134  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 447 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.44 
 
 		 843 aa  134  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 981 aa  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 785 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  35.59 
 
 		 288 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  30.85 
 
 		 447 aa  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 		 452 aa  131  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  33.33 
 
 		 891 aa  131  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  29.73 
 
 		 816 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  29.41 
 
 		 435 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 844 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 426 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 868 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  28.78 
 
 		 462 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  31.9 
 
 		 283 aa  127  6e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 843 aa  126  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  34.53 
 
 		 753 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  30.91 
 
 		 825 aa  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  29.93 
 
 		 782 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  31.83 
 
 		 505 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  31.83 
 
 		 461 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 291 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 307 aa  123  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  29.24 
 
 		 830 aa  123  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  31.83 
 
 		 461 aa  123  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  30.69 
 
 		 422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  30.42 
 
 		 456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  32.69 
 
 		 874 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  30.99 
 
 		 1120 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  30.99 
 
 		 1118 aa  120  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  30.99 
 
 		 1120 aa  120  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>