More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2730 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  49.26 
 
 		 844 aa  725    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  100 
 
 		 825 aa  1649    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  49.39 
 
 		 843 aa  720    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  48.46 
 
 		 859 aa  732    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  41.72 
 
 		 867 aa  606  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  30.06 
 
 		 825 aa  297  4e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  30.05 
 
 		 874 aa  297  5e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  29.94 
 
 		 853 aa  294  5e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 		 879 aa  293  7e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  30.75 
 
 		 832 aa  292  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  30.85 
 
 		 860 aa  288  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  28.55 
 
 		 883 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  31.06 
 
 		 845 aa  284  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 910 aa  280  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 909 aa  269  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 866 aa  269  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 		 909 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 947 aa  256  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  28.31 
 
 		 868 aa  250  8e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  26.4 
 
 		 803 aa  239  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  39.5 
 
 		 840 aa  233  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 815 aa  233  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 		 817 aa  231  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  37.12 
 
 		 830 aa  222  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  40.21 
 
 		 796 aa  214  3.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  38.51 
 
 		 849 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  31.11 
 
 		 835 aa  213  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  27.52 
 
 		 806 aa  213  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  27.21 
 
 		 807 aa  213  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  42.01 
 
 		 847 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  42.01 
 
 		 847 aa  211  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  26.28 
 
 		 840 aa  211  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  26.15 
 
 		 840 aa  205  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 814 aa  198  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  26.12 
 
 		 817 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 832 aa  197  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  27.53 
 
 		 794 aa  196  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 		 815 aa  196  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 816 aa  196  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  26.91 
 
 		 820 aa  194  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  26.08 
 
 		 809 aa  194  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  26.6 
 
 		 815 aa  193  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 855 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  26.52 
 
 		 803 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  27.39 
 
 		 799 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 832 aa  191  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 		 820 aa  190  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 		 814 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 		 820 aa  190  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 856 aa  188  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.52 
 
 		 806 aa  181  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  25.98 
 
 		 814 aa  181  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  24.9 
 
 		 773 aa  173  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  31.56 
 
 		 813 aa  172  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  31.37 
 
 		 809 aa  171  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  31.37 
 
 		 809 aa  171  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  38.96 
 
 		 803 aa  170  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  31.98 
 
 		 808 aa  169  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 842 aa  168  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 		 785 aa  168  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  36.51 
 
 		 891 aa  168  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  34.6 
 
 		 843 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  32.97 
 
 		 752 aa  161  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  33.22 
 
 		 804 aa  159  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 299 aa  158  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  36.27 
 
 		 795 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  33.82 
 
 		 803 aa  157  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  35.25 
 
 		 1127 aa  156  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  35.94 
 
 		 864 aa  156  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 1105 aa  153  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 		 784 aa  152  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  34.24 
 
 		 981 aa  152  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  33.57 
 
 		 732 aa  150  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  36.25 
 
 		 1144 aa  150  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  37.36 
 
 		 877 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  37.81 
 
 		 816 aa  149  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  31.48 
 
 		 753 aa  148  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  31.08 
 
 		 1120 aa  147  7.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  31.08 
 
 		 1120 aa  147  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  31.08 
 
 		 1120 aa  147  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 807 aa  147  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  33.99 
 
 		 291 aa  146  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  36.04 
 
 		 472 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  33.83 
 
 		 1133 aa  145  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  32.93 
 
 		 1107 aa  144  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  32.79 
 
 		 1110 aa  144  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  30.39 
 
 		 1130 aa  143  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 1235 aa  142  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  30.29 
 
 		 636 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1104 aa  142  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  36.67 
 
 		 685 aa  141  3.9999999999999997e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  33.33 
 
 		 1111 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1435  hypothetical protein  29.8 
 
 		 983 aa  141  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  32.24 
 
 		 1107 aa  140  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  30.72 
 
 		 636 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1549  hypothetical protein  29.8 
 
 		 983 aa  140  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  32.8 
 
 		 1134 aa  140  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  32.24 
 
 		 1107 aa  140  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  27.93 
 
 		 1080 aa  140  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  32.4 
 
 		 1134 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>