More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3756 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  70.03 
 
 		 1107 aa  1550    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  70.03 
 
 		 1107 aa  1550    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  69.94 
 
 		 1107 aa  1549    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  69.95 
 
 		 1108 aa  1530    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3664  hypothetical protein  73.63 
 
 		 1113 aa  1566    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.907056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0711  hypothetical protein  73.53 
 
 		 1113 aa  1565    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.871081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  69.85 
 
 		 1103 aa  1526    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  69.95 
 
 		 1108 aa  1530    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  70.03 
 
 		 1107 aa  1550    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  97.11 
 
 		 1107 aa  2121    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  100 
 
 		 1107 aa  2229    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3811  hypothetical protein  73.63 
 
 		 1113 aa  1566    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.408276  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  70.12 
 
 		 1107 aa  1550    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  69.94 
 
 		 1107 aa  1548    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  69.95 
 
 		 1108 aa  1530    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  70.03 
 
 		 1107 aa  1549    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  69.95 
 
 		 1108 aa  1530    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  69.95 
 
 		 1108 aa  1530    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  70.03 
 
 		 1107 aa  1550    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  70.03 
 
 		 1107 aa  1550    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  71.64 
 
 		 1115 aa  1614    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  79.24 
 
 		 1107 aa  1745    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  78.05 
 
 		 1104 aa  1703    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  37.34 
 
 		 1080 aa  548  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  35.28 
 
 		 1070 aa  536  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 1067 aa  527  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 1072 aa  526  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  34.7 
 
 		 1067 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  35.36 
 
 		 1066 aa  525  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  37.03 
 
 		 1067 aa  523  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 1072 aa  526  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 1072 aa  526  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  34.92 
 
 		 1068 aa  522  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  35.46 
 
 		 1067 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  35.46 
 
 		 1067 aa  521  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 1078 aa  521  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  34.64 
 
 		 1060 aa  511  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  36.71 
 
 		 1062 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  30.88 
 
 		 1111 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  28.56 
 
 		 1117 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 1158 aa  366  2e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  29.13 
 
 		 1102 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5067  potassium efflux protein KefA  29.25 
 
 		 1102 aa  361  5e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4940  potassium efflux protein KefA  29.06 
 
 		 1102 aa  359  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  28.92 
 
 		 1134 aa  357  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  27.75 
 
 		 1102 aa  354  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  28.33 
 
 		 1120 aa  353  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  28.33 
 
 		 1120 aa  353  1e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  28.33 
 
 		 1120 aa  353  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 861 aa  350  6e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  29.5 
 
 		 1134 aa  350  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  29.07 
 
 		 1130 aa  349  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  29.19 
 
 		 1133 aa  345  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  28.7 
 
 		 1118 aa  342  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 1110 aa  340  9e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  28.6 
 
 		 1118 aa  336  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 1166 aa  336  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  27.53 
 
 		 1115 aa  332  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  26.88 
 
 		 1120 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 		 1120 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  26.88 
 
 		 1120 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  26.88 
 
 		 1120 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  26.88 
 
 		 1120 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  26.88 
 
 		 1118 aa  328  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  26.88 
 
 		 1120 aa  327  5e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  26.86 
 
 		 1120 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  28.38 
 
 		 1128 aa  326  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  26.79 
 
 		 1120 aa  324  4e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  27.47 
 
 		 1118 aa  324  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  27.47 
 
 		 1118 aa  324  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  27.47 
 
 		 1120 aa  324  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  27.47 
 
 		 1120 aa  323  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  27.47 
 
 		 1118 aa  323  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  27.54 
 
 		 1144 aa  318  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 1127 aa  312  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  26.99 
 
 		 1098 aa  309  2.0000000000000002e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  29.37 
 
 		 1117 aa  306  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  25.09 
 
 		 1105 aa  291  5.0000000000000004e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  26.5 
 
 		 1235 aa  278  5e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  28.96 
 
 		 1110 aa  271  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.57 
 
 		 806 aa  166  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  32.27 
 
 		 860 aa  155  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  33.85 
 
 		 832 aa  149  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  31.62 
 
 		 796 aa  147  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 		 815 aa  147  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  34.01 
 
 		 299 aa  144  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  36.57 
 
 		 840 aa  143  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 844 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  36.57 
 
 		 840 aa  142  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  30.72 
 
 		 853 aa  142  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  36.78 
 
 		 856 aa  142  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  36.11 
 
 		 835 aa  142  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 843 aa  141  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  32.24 
 
 		 825 aa  140  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 		 845 aa  140  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 		 843 aa  140  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 879 aa  139  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  36.5 
 
 		 773 aa  138  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  30.5 
 
 		 291 aa  138  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 817 aa  138  7.000000000000001e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>