More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3222 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  45.2 
 
 		 853 aa  654    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 866 aa  1721    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 879 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  37.37 
 
 		 883 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  37.8 
 
 		 947 aa  456  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  37.63 
 
 		 909 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 909 aa  456  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  36.22 
 
 		 910 aa  443  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 		 874 aa  409  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  33.38 
 
 		 860 aa  353  5.9999999999999994e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  32.86 
 
 		 832 aa  339  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 		 859 aa  330  6e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  31.26 
 
 		 835 aa  324  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  32.42 
 
 		 815 aa  316  9e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  31.23 
 
 		 845 aa  313  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 843 aa  301  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  30.35 
 
 		 840 aa  300  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 840 aa  298  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  29.21 
 
 		 844 aa  296  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 		 856 aa  294  6e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  29.13 
 
 		 825 aa  293  8e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  30.93 
 
 		 803 aa  290  7e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 		 867 aa  287  7e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 809 aa  281  5e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  28.46 
 
 		 825 aa  269  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 		 820 aa  265  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 		 832 aa  259  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  28.83 
 
 		 806 aa  253  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  28.87 
 
 		 807 aa  253  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  26.41 
 
 		 815 aa  250  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  27.69 
 
 		 803 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 815 aa  248  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 799 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  29.32 
 
 		 868 aa  247  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 855 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  26.38 
 
 		 814 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  26.57 
 
 		 817 aa  241  4e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 		 803 aa  241  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  27.42 
 
 		 817 aa  238  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 		 814 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  27.14 
 
 		 804 aa  234  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  44.13 
 
 		 840 aa  233  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 832 aa  233  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 816 aa  232  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  30.55 
 
 		 809 aa  231  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.55 
 
 		 809 aa  231  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  30.42 
 
 		 808 aa  229  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  30.55 
 
 		 809 aa  229  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 803 aa  228  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  30.15 
 
 		 813 aa  228  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 820 aa  228  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 820 aa  228  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 814 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  30.3 
 
 		 773 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  43.45 
 
 		 847 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  43.45 
 
 		 847 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  43.06 
 
 		 849 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  40.29 
 
 		 830 aa  214  7e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 794 aa  212  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  38.33 
 
 		 796 aa  200  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  41.6 
 
 		 806 aa  197  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  32.63 
 
 		 752 aa  169  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  32.53 
 
 		 732 aa  166  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  37.37 
 
 		 807 aa  164  7e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  37.08 
 
 		 785 aa  163  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  37.08 
 
 		 891 aa  163  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  30.42 
 
 		 753 aa  162  3e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  37.94 
 
 		 981 aa  159  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  37.75 
 
 		 1110 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  36.8 
 
 		 291 aa  153  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  35.54 
 
 		 1144 aa  154  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  38.46 
 
 		 1133 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 1127 aa  151  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  36.65 
 
 		 1120 aa  151  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  36.65 
 
 		 1120 aa  151  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 298 aa  151  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  36.65 
 
 		 1120 aa  151  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  37.46 
 
 		 877 aa  151  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  39.82 
 
 		 1128 aa  150  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  31.86 
 
 		 795 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 1110 aa  147  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  37.22 
 
 		 1111 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  35.95 
 
 		 1120 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  35.95 
 
 		 1118 aa  147  9e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  35.95 
 
 		 1120 aa  147  9e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  35.98 
 
 		 1166 aa  146  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 299 aa  146  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 843 aa  146  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  36.1 
 
 		 1130 aa  146  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  34.52 
 
 		 1134 aa  145  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  35.54 
 
 		 1118 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  35.54 
 
 		 1118 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  35.54 
 
 		 1118 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  35.54 
 
 		 1120 aa  145  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>