More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3862 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 830 aa  1639    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  43.75 
 
 		 849 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  44.3 
 
 		 847 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  44.26 
 
 		 847 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  41.04 
 
 		 840 aa  567  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  41.55 
 
 		 796 aa  528  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 859 aa  252  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  45 
 
 		 825 aa  249  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 		 867 aa  246  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  39.88 
 
 		 844 aa  240  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  39.29 
 
 		 843 aa  238  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  28.81 
 
 		 832 aa  229  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  40.4 
 
 		 845 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 868 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  38.06 
 
 		 825 aa  221  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  35.13 
 
 		 909 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  37.39 
 
 		 947 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  41.24 
 
 		 860 aa  218  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 		 909 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  40.29 
 
 		 866 aa  214  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  38.26 
 
 		 879 aa  214  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  37.35 
 
 		 853 aa  209  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  39.71 
 
 		 910 aa  207  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  38.89 
 
 		 883 aa  201  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  33.78 
 
 		 891 aa  201  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  37.33 
 
 		 785 aa  200  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  37.27 
 
 		 806 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  33.42 
 
 		 803 aa  195  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  36.9 
 
 		 807 aa  194  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.46 
 
 		 806 aa  194  8e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  32.45 
 
 		 856 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  37.36 
 
 		 809 aa  186  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  31.7 
 
 		 753 aa  184  4.0000000000000006e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  37.68 
 
 		 840 aa  182  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  37.68 
 
 		 840 aa  182  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  35.11 
 
 		 864 aa  182  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  33.42 
 
 		 815 aa  181  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  39.66 
 
 		 877 aa  181  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  38.81 
 
 		 820 aa  181  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 855 aa  180  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 		 803 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  38.15 
 
 		 291 aa  178  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  36.39 
 
 		 732 aa  178  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  37.55 
 
 		 842 aa  178  4e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  37.01 
 
 		 803 aa  177  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  35.67 
 
 		 752 aa  175  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  36.8 
 
 		 299 aa  174  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  35.06 
 
 		 803 aa  174  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  36.11 
 
 		 804 aa  172  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  29.85 
 
 		 816 aa  171  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  37.7 
 
 		 298 aa  168  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 835 aa  168  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 		 799 aa  167  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  36.14 
 
 		 1110 aa  167  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  33.71 
 
 		 1133 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  35.16 
 
 		 636 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  32.97 
 
 		 685 aa  164  5.0000000000000005e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  35.29 
 
 		 1144 aa  164  9e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 		 637 aa  163  9e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  34.25 
 
 		 1120 aa  163  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  34.25 
 
 		 1120 aa  163  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 815 aa  163  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  34.25 
 
 		 1120 aa  163  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  35.16 
 
 		 636 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 820 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 814 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  27.93 
 
 		 832 aa  163  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 820 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 814 aa  162  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 813 aa  161  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  29.55 
 
 		 808 aa  161  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  30.12 
 
 		 809 aa  161  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 		 1166 aa  161  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  30.12 
 
 		 809 aa  160  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 472 aa  161  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  32.74 
 
 		 1118 aa  160  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  30.12 
 
 		 809 aa  160  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  35.37 
 
 		 1111 aa  160  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  32.74 
 
 		 1118 aa  160  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  32.74 
 
 		 1118 aa  160  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  32.74 
 
 		 1120 aa  160  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  32.74 
 
 		 1120 aa  160  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 814 aa  160  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  35.41 
 
 		 773 aa  160  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  32.97 
 
 		 1127 aa  160  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  31.69 
 
 		 794 aa  159  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.94 
 
 		 843 aa  159  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  34.29 
 
 		 795 aa  158  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 		 807 aa  157  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  37.99 
 
 		 447 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 1235 aa  156  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  29.97 
 
 		 1118 aa  155  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  29.97 
 
 		 1120 aa  155  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  37.55 
 
 		 447 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  32.26 
 
 		 1102 aa  155  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  29.97 
 
 		 1120 aa  155  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  29.97 
 
 		 1120 aa  154  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  29.97 
 
 		 1120 aa  154  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  29.97 
 
 		 1120 aa  154  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  29.97 
 
 		 1120 aa  154  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>