More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2869 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  52.32 
 
 		 809 aa  718    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  71.81 
 
 		 814 aa  1125    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 815 aa  1642    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  52.32 
 
 		 808 aa  714    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  50.6 
 
 		 814 aa  720    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  49.63 
 
 		 814 aa  745    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  50.45 
 
 		 813 aa  686    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  52.32 
 
 		 809 aa  718    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  47.23 
 
 		 794 aa  699    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  50.46 
 
 		 815 aa  746    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  52.45 
 
 		 817 aa  792    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  52.19 
 
 		 773 aa  714    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  50.6 
 
 		 816 aa  728    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  52.45 
 
 		 809 aa  721    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  50.07 
 
 		 832 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  50.6 
 
 		 820 aa  718    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  49.5 
 
 		 832 aa  741    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  50.6 
 
 		 820 aa  718    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  94.49 
 
 		 817 aa  1534    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  43.56 
 
 		 806 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  43.46 
 
 		 807 aa  595  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  42.45 
 
 		 803 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  43.2 
 
 		 803 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  43.33 
 
 		 855 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  41.98 
 
 		 799 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  41.59 
 
 		 804 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  41.72 
 
 		 803 aa  534  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 		 856 aa  438  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 		 835 aa  425  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  34.82 
 
 		 815 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  35.97 
 
 		 840 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  35.81 
 
 		 840 aa  395  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  32.74 
 
 		 820 aa  372  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  29.51 
 
 		 803 aa  321  3.9999999999999996e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 809 aa  307  6e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  26.93 
 
 		 866 aa  249  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  27.52 
 
 		 853 aa  247  6.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  28.78 
 
 		 832 aa  234  6e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  27.39 
 
 		 879 aa  229  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 		 860 aa  228  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  27.07 
 
 		 845 aa  225  3e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 867 aa  217  7e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 874 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 883 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  26.43 
 
 		 844 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 843 aa  210  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 910 aa  207  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 909 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 947 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  25.03 
 
 		 859 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  26.37 
 
 		 909 aa  200  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  26.6 
 
 		 825 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  25.46 
 
 		 825 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 840 aa  162  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  37.9 
 
 		 1062 aa  150  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  35.77 
 
 		 868 aa  150  9e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  39.9 
 
 		 1070 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 1066 aa  148  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 1072 aa  147  9e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 1072 aa  147  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 1072 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 		 1060 aa  147  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 1067 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  37.5 
 
 		 1080 aa  146  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  38.31 
 
 		 1078 aa  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  34.05 
 
 		 1067 aa  145  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  34.05 
 
 		 1067 aa  145  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  34.05 
 
 		 1067 aa  145  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  35.09 
 
 		 1117 aa  145  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  34.82 
 
 		 1068 aa  145  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  34.05 
 
 		 1067 aa  145  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  32.85 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  32.79 
 
 		 830 aa  143  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1115 aa  142  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  29.35 
 
 		 752 aa  141  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  37.95 
 
 		 1110 aa  141  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  39.91 
 
 		 1111 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  37.5 
 
 		 1107 aa  140  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  33.2 
 
 		 1115 aa  139  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  30.48 
 
 		 1118 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  30.48 
 
 		 1120 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  36.32 
 
 		 796 aa  139  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  30.48 
 
 		 1118 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  32.12 
 
 		 1107 aa  139  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  30.48 
 
 		 1120 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  30.48 
 
 		 1118 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  32.69 
 
 		 1104 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1118 aa  138  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  31.23 
 
 		 1120 aa  138  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.41 
 
 		 806 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 1235 aa  137  9e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  38.83 
 
 		 1127 aa  137  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  32.82 
 
 		 1133 aa  137  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>