More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0707 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
855 aa  1689    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  65.82 
 
 
804 aa  940    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  64.12 
 
 
803 aa  935    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  68.22 
 
 
806 aa  1040    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  98.63 
 
 
803 aa  1558    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  94.89 
 
 
803 aa  1468    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  84.89 
 
 
799 aa  1315    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  69.01 
 
 
807 aa  1041    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  43.29 
 
 
815 aa  598  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  43.24 
 
 
817 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  43.54 
 
 
814 aa  565  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  41.98 
 
 
814 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  41.85 
 
 
832 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  40.75 
 
 
817 aa  521  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 
815 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  43.08 
 
 
816 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  42.48 
 
 
794 aa  511  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  42.91 
 
 
814 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  42.84 
 
 
820 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  42.84 
 
 
820 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  42.91 
 
 
809 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  42.91 
 
 
809 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.91 
 
 
809 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  43.23 
 
 
808 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  42.33 
 
 
813 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  43.24 
 
 
832 aa  485  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  42.61 
 
 
773 aa  482  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  39.1 
 
 
856 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  38.83 
 
 
835 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  39.48 
 
 
815 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  37.11 
 
 
840 aa  437  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  36.81 
 
 
840 aa  432  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 
820 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  33.89 
 
 
803 aa  374  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 
809 aa  353  5e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 
909 aa  269  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  30.9 
 
 
947 aa  269  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 
866 aa  264  4e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  31.17 
 
 
832 aa  261  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  30.58 
 
 
909 aa  258  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  29.49 
 
 
879 aa  258  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  30.76 
 
 
910 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 
883 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  28.55 
 
 
825 aa  250  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  29.84 
 
 
853 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 
845 aa  244  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 
867 aa  238  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 
874 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  29.74 
 
 
859 aa  229  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  32.6 
 
 
860 aa  216  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  27.82 
 
 
844 aa  209  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  27.62 
 
 
825 aa  206  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  26.64 
 
 
843 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  27.73 
 
 
840 aa  189  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 
830 aa  179  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  40.37 
 
 
796 aa  170  8e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  35.69 
 
 
849 aa  156  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 
847 aa  153  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  35.29 
 
 
847 aa  153  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  34.12 
 
 
299 aa  149  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  28.49 
 
 
752 aa  146  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  30.35 
 
 
891 aa  145  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  30.35 
 
 
785 aa  144  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  31.54 
 
 
806 aa  142  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  33.61 
 
 
1115 aa  140  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  33.46 
 
 
1144 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 
637 aa  137  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  35.91 
 
 
1115 aa  137  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  32.89 
 
 
1103 aa  136  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 
1235 aa  135  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  30.74 
 
 
1107 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 
795 aa  133  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  30.74 
 
 
1108 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  30.74 
 
 
1108 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  36.19 
 
 
1117 aa  132  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  30.74 
 
 
1108 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  30.74 
 
 
1108 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  30.74 
 
 
1108 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  32.93 
 
 
1127 aa  131  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  32.08 
 
 
1107 aa  130  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  31.46 
 
 
1107 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  28.39 
 
 
1078 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  31.77 
 
 
1120 aa  128  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  35.44 
 
 
1102 aa  128  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  33.22 
 
 
877 aa  128  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  31.77 
 
 
1120 aa  127  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>