More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2527 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 427 aa  837    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  70.39 
 
 		 444 aa  574  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  67.78 
 
 		 451 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  58.47 
 
 		 452 aa  408  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  55.02 
 
 		 435 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  55.45 
 
 		 426 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  45.89 
 
 		 429 aa  349  5e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  52.66 
 
 		 437 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  53.63 
 
 		 427 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  52.91 
 
 		 427 aa  320  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  38.67 
 
 		 451 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  38.96 
 
 		 450 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.46 
 
 		 450 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  38.46 
 
 		 449 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  38.46 
 
 		 449 aa  252  7e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.46 
 
 		 450 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.46 
 
 		 450 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  38.46 
 
 		 450 aa  252  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  38.46 
 
 		 450 aa  252  7e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  38.75 
 
 		 451 aa  250  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  39.05 
 
 		 458 aa  249  7e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 		 435 aa  248  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  43.58 
 
 		 460 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  43.24 
 
 		 460 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  39.46 
 
 		 451 aa  246  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  39.41 
 
 		 457 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  39.03 
 
 		 420 aa  226  8e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  41.97 
 
 		 422 aa  218  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  44.07 
 
 		 454 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  40.19 
 
 		 462 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  36.52 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  43.73 
 
 		 505 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  43.39 
 
 		 461 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  43.39 
 
 		 461 aa  206  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  39.94 
 
 		 447 aa  203  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 412 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  37.02 
 
 		 456 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  32.77 
 
 		 456 aa  175  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  35.37 
 
 		 439 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.92 
 
 		 322 aa  169  9e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  34.16 
 
 		 440 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  38.85 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  35.81 
 
 		 435 aa  164  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 451 aa  164  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 437 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 		 437 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  42.93 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  36.93 
 
 		 299 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  30.33 
 
 		 479 aa  156  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  32.56 
 
 		 475 aa  153  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  33.55 
 
 		 842 aa  153  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  38.81 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  40.27 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  28.95 
 
 		 448 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  37.76 
 
 		 806 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  30.97 
 
 		 685 aa  149  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  37.7 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  35.95 
 
 		 637 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  36.21 
 
 		 1144 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 		 874 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  33.7 
 
 		 825 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  35.94 
 
 		 864 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  33.22 
 
 		 1115 aa  140  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  33.93 
 
 		 1120 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  33.93 
 
 		 1120 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  33.93 
 
 		 1120 aa  139  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  32.07 
 
 		 1118 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  33.93 
 
 		 1120 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  33.93 
 
 		 1120 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  32.07 
 
 		 1118 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  32.07 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  33.93 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  33.93 
 
 		 1118 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  32.07 
 
 		 1120 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  32.07 
 
 		 1118 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  33.93 
 
 		 1120 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  33.93 
 
 		 1120 aa  139  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  36.99 
 
 		 861 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  37.88 
 
 		 636 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  37.88 
 
 		 636 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  35.42 
 
 		 843 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  38.61 
 
 		 832 aa  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  35.87 
 
 		 1133 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 844 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  32.43 
 
 		 843 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  37.1 
 
 		 1120 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  37.1 
 
 		 1120 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  37.1 
 
 		 1120 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  37.09 
 
 		 795 aa  133  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  34.12 
 
 		 859 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  35.68 
 
 		 287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  26.67 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 1078 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  32.48 
 
 		 830 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  30.31 
 
 		 444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  34.4 
 
 		 840 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  35.94 
 
 		 1067 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  36.49 
 
 		 1066 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  35.94 
 
 		 1067 aa  131  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>