More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_4989 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
321 aa  644    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
321 aa  644    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  93.93 
 
 
288 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  92.33 
 
 
292 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  95.83 
 
 
289 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  91.64 
 
 
292 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  52.31 
 
 
284 aa  259  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  47.15 
 
 
301 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  41.42 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  39.78 
 
 
288 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 
294 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  40.23 
 
 
281 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 
306 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1280  MscS Mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 
269 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.138834  normal  0.117258 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  40.38 
 
 
269 aa  191  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 
283 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1220  MscS mechanosensitive ion channel  42.5 
 
 
305 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859387 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  36.11 
 
 
280 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  36.43 
 
 
270 aa  186  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  37.79 
 
 
288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  34.9 
 
 
268 aa  183  3e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  36.86 
 
 
273 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  36.89 
 
 
276 aa  179  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 
275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 
275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  35.71 
 
 
286 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  34.51 
 
 
275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 
275 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  39.41 
 
 
268 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  37.4 
 
 
274 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 
275 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  37.23 
 
 
266 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 
275 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1010  MscS Mechanosensitive ion channel  43.92 
 
 
292 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.877455 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  34.65 
 
 
275 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  35.83 
 
 
275 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  35.83 
 
 
275 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  34.25 
 
 
275 aa  168  9e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.38 
 
 
275 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  35.88 
 
 
277 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  34.66 
 
 
288 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  33.58 
 
 
276 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  34.66 
 
 
274 aa  166  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  34.48 
 
 
275 aa  166  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  35.22 
 
 
287 aa  165  9e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  33.86 
 
 
280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 
274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  33.98 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  35.82 
 
 
322 aa  164  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  35.04 
 
 
274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 
275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  34.73 
 
 
276 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  36.4 
 
 
274 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  34.72 
 
 
283 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  36.43 
 
 
270 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 
275 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  34.72 
 
 
283 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  32.71 
 
 
276 aa  160  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  33.47 
 
 
286 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  36.82 
 
 
283 aa  160  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  33.06 
 
 
291 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  34.77 
 
 
279 aa  159  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  33.06 
 
 
286 aa  159  9e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 
277 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  37.67 
 
 
279 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 
273 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  33.74 
 
 
291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 
300 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  34.96 
 
 
272 aa  155  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  35.18 
 
 
305 aa  155  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  34.39 
 
 
300 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 
277 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  34.5 
 
 
292 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  32.97 
 
 
275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.33 
 
 
277 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 
305 aa  152  8e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  35.41 
 
 
298 aa  152  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  34.68 
 
 
274 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  34.73 
 
 
291 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  34.82 
 
 
284 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 
275 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 
274 aa  150  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 
293 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.73 
 
 
289 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 
283 aa  149  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  34.73 
 
 
289 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.73 
 
 
289 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  34.77 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  34.38 
 
 
286 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  34.38 
 
 
286 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  36.63 
 
 
275 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  34.38 
 
 
286 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  34.38 
 
 
286 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>