216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4527 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2892  spermine synthase  68.67 
 
 		 876 aa  1045    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2131  spermine/spermidine synthase family transmembrane protein  64.33 
 
 		 830 aa  915    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355306  normal  0.0157921 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4527  Spermine synthase  100 
 
 		 844 aa  1650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0178868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3050  spermine synthase  62.96 
 
 		 842 aa  890    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2502  spermine/spermidine synthase family protein  31.41 
 
 		 1017 aa  300  9e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3062  spermine synthase  31.15 
 
 		 983 aa  281  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3618  spermine synthase  31.46 
 
 		 835 aa  280  6e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  34.5 
 
 		 1078 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  34.49 
 
 		 1078 aa  278  4e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1825  spermine synthase  31.66 
 
 		 991 aa  278  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3160  Spermine synthase  30.8 
 
 		 982 aa  271  5e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.687582  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  34.48 
 
 		 1079 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0517  spermine synthase  30.16 
 
 		 836 aa  261  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1296  putative spermine/spermidine synthase family protein  32.67 
 
 		 875 aa  258  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0266  Spermine synthase  28.74 
 
 		 749 aa  242  2e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  34.16 
 
 		 903 aa  222  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0540  Spermine synthase  28.43 
 
 		 782 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0583  spermine synthase  28.3 
 
 		 837 aa  204  7e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3570  spermine synthase  26.05 
 
 		 803 aa  192  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.960569 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1032  spermine synthase  28.4 
 
 		 1040 aa  167  8e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.251228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1363  spermine synthase  26.06 
 
 		 819 aa  165  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.871378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5606  Spermine synthase  26.96 
 
 		 758 aa  158  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0785  putative spermidine synthase  27 
 
 		 759 aa  103  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2535  putative spermidine synthase  26.21 
 
 		 765 aa  95.5  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118236 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2651  putative spermidine synthase  26.15 
 
 		 765 aa  93.2  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  27.06 
 
 		 503 aa  87.8  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  24.18 
 
 		 498 aa  87  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  26.82 
 
 		 503 aa  85.9  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0816  spermidine synthase  26.6 
 
 		 504 aa  78.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072046  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  24.16 
 
 		 558 aa  78.6  0.0000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  25.41 
 
 		 504 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  25.41 
 
 		 504 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  25.41 
 
 		 504 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  27.3 
 
 		 528 aa  75.5  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  25.06 
 
 		 529 aa  75.5  0.000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4087  spermidine synthase  30.29 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  25.51 
 
 		 521 aa  75.1  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  26.94 
 
 		 521 aa  73.9  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  25.43 
 
 		 533 aa  74.3  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4273  spermidine synthase  26.67 
 
 		 504 aa  72  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0733287 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  26.84 
 
 		 510 aa  72  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  26.55 
 
 		 525 aa  70.5  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  23.54 
 
 		 508 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4800  spermidine synthase  26.43 
 
 		 504 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.654715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  30.99 
 
 		 326 aa  70.1  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  28.12 
 
 		 510 aa  69.3  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0714  spermidine synthase  32.21 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0746  spermidine synthase  32.21 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  24.1 
 
 		 536 aa  67.8  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  27.3 
 
 		 527 aa  67  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  26.77 
 
 		 499 aa  67  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  24.3 
 
 		 516 aa  67.4  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  25.56 
 
 		 517 aa  66.2  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  26.65 
 
 		 528 aa  65.9  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4120  spermidine synthase  25.78 
 
 		 525 aa  65.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139425  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4232  spermidine synthase  25.78 
 
 		 525 aa  65.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.716937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  26.16 
 
 		 515 aa  63.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  25.74 
 
 		 502 aa  63.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  26.14 
 
 		 277 aa  63.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1326  spermidine synthase  29.33 
 
 		 295 aa  62.8  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0905  Spermine synthase  25.98 
 
 		 805 aa  62.4  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0140843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0932  spermidine synthase-like protein  25.51 
 
 		 551 aa  61.6  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  24.45 
 
 		 533 aa  61.2  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  24.56 
 
 		 514 aa  60.8  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  31.03 
 
 		 301 aa  60.5  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  26.62 
 
 		 291 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2055  spermidine synthase  29.71 
 
 		 286 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3621  hypothetical protein  32.11 
 
 		 253 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1194  spermidine synthase  35.43 
 
 		 285 aa  59.7  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1389  spermidine synthase  25.26 
 
 		 284 aa  59.3  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0842  Spermine synthase  25.95 
 
 		 541 aa  59.7  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  28.47 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  27.32 
 
 		 307 aa  59.3  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  28.24 
 
 		 519 aa  58.9  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  28.86 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1864  spermidine synthase  28.99 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  28.74 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2191  spermidine synthase  28.75 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0390  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2143  spermidine synthase-like protein  31.58 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.122833  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2470  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3468  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  27.78 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0855  spermidine synthase  24.05 
 
 		 567 aa  57.8  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481823  normal  0.101312 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2981  spermidine synthase  31.87 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1250  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3433  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3470  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3315  spermidine synthase  34.65 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  26.67 
 
 		 523 aa  57.8  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2430  Spermine synthase  23.71 
 
 		 529 aa  57.8  0.0000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.514854  hitchhiker  0.00202916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1964  spermidine synthase  25.91 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.569543  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1773  hypothetical protein  32.11 
 
 		 253 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.738032  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1023  spermidine synthase  27.6 
 
 		 296 aa  57.4  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3482  spermidine synthase  27.6 
 
 		 296 aa  57.4  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00378102  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  23.24 
 
 		 304 aa  57.8  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3354  spermidine synthase  27.6 
 
 		 296 aa  57.4  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000276507  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2159  hypothetical protein  34.59 
 
 		 607 aa  57.4  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1778  spermidine synthase  25.5 
 
 		 283 aa  56.6  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.251916  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0694  spermidine synthase  24 
 
 		 275 aa  56.2  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.251821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>