107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0785 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2651  putative spermidine synthase  60.51 
 
 		 765 aa  781    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0785  putative spermidine synthase  100 
 
 		 759 aa  1519    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2535  putative spermidine synthase  80.65 
 
 		 765 aa  1151    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118236 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1613  spermine synthase  58.22 
 
 		 753 aa  714    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0627097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3570  spermine synthase  29.17 
 
 		 803 aa  196  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.960569 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04883  putative integral membrane protein  33.4 
 
 		 494 aa  194  6e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2892  spermine synthase  27.62 
 
 		 876 aa  158  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3160  Spermine synthase  29.03 
 
 		 982 aa  153  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.687582  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  30.24 
 
 		 1078 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  29.58 
 
 		 1078 aa  147  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3062  spermine synthase  27.8 
 
 		 983 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2502  spermine/spermidine synthase family protein  26.48 
 
 		 1017 aa  142  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  30.47 
 
 		 1079 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3050  spermine synthase  27.65 
 
 		 842 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5606  Spermine synthase  28.16 
 
 		 758 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0540  Spermine synthase  27.77 
 
 		 782 aa  127  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1363  spermine synthase  34.26 
 
 		 819 aa  127  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.871378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4527  Spermine synthase  26.71 
 
 		 844 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0178868 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0583  spermine synthase  28.49 
 
 		 837 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3618  spermine synthase  25.69 
 
 		 835 aa  114  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2131  spermine/spermidine synthase family transmembrane protein  27.53 
 
 		 830 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355306  normal  0.0157921 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1825  spermine synthase  27.21 
 
 		 991 aa  108  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0517  spermine synthase  26.88 
 
 		 836 aa  91.3  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0266  Spermine synthase  24.86 
 
 		 749 aa  85.9  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  28.22 
 
 		 502 aa  82.8  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1296  putative spermine/spermidine synthase family protein  25.18 
 
 		 875 aa  70.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  25.86 
 
 		 520 aa  63.5  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  23.29 
 
 		 499 aa  62.4  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  25 
 
 		 508 aa  62  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  23.99 
 
 		 521 aa  60.8  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0905  Spermine synthase  28.32 
 
 		 805 aa  60.5  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0140843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4321  hypothetical protein  31.35 
 
 		 220 aa  59.3  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  24.55 
 
 		 516 aa  58.9  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  31.41 
 
 		 522 aa  57.8  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  22.56 
 
 		 533 aa  57  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  23.87 
 
 		 515 aa  57.4  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  25.85 
 
 		 520 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  25.85 
 
 		 520 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04884  spermine/spermidine synthase family protein  44 
 
 		 92 aa  56.2  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.934898  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  29.3 
 
 		 528 aa  55.5  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  29.18 
 
 		 903 aa  55.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  22.77 
 
 		 498 aa  55.1  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0932  spermidine synthase-like protein  26.48 
 
 		 551 aa  54.7  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1032  spermine synthase  28.81 
 
 		 1040 aa  54.7  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.251228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0442  hypothetical protein  27.51 
 
 		 517 aa  54.7  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0371  hypothetical protein  29.1 
 
 		 517 aa  53.1  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1326  spermidine synthase  27.21 
 
 		 295 aa  52.8  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  30.09 
 
 		 519 aa  53.1  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  23.24 
 
 		 503 aa  52.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  29.37 
 
 		 521 aa  52.4  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  31.93 
 
 		 289 aa  52  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  29.09 
 
 		 523 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  26.08 
 
 		 520 aa  51.2  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1565  Spermine synthase  27.08 
 
 		 312 aa  50.8  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.673187  normal  0.0572452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  51.2  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  30.51 
 
 		 286 aa  51.2  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  50.8  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  22.52 
 
 		 558 aa  50.8  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  50.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  31.93 
 
 		 286 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5405  hypothetical protein  28.36 
 
 		 514 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62211  normal  0.453689 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  30.17 
 
 		 248 aa  49.7  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  26.34 
 
 		 528 aa  48.9  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5605  hypothetical protein  28.36 
 
 		 514 aa  49.3  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  22.77 
 
 		 529 aa  48.9  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0231  spermidine synthase  28.83 
 
 		 334 aa  48.9  0.0004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  23.27 
 
 		 510 aa  48.5  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2904  spermidine synthase-like protein  25.66 
 
 		 551 aa  48.1  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  27.52 
 
 		 536 aa  48.1  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  22.42 
 
 		 521 aa  47.8  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  25.14 
 
 		 514 aa  48.1  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0131  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.316229  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3243  hypothetical protein  26.19 
 
 		 974 aa  47.8  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.870194  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0128  spermidine synthase  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  31.09 
 
 		 288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  23.24 
 
 		 503 aa  47.4  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  28.86 
 
 		 292 aa  47  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1994  spermidine synthase  23.88 
 
 		 757 aa  47  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0668  spermidine synthase  29.13 
 
 		 273 aa  46.2  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.672197  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2801  hypothetical protein  29.17 
 
 		 514 aa  46.6  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1879  Spermine synthase  26.37 
 
 		 287 aa  45.8  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  23.5 
 
 		 525 aa  45.4  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  30.51 
 
 		 291 aa  45.4  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  23.65 
 
 		 305 aa  45.4  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0114  spermidine synthase  30.25 
 
 		 288 aa  45.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000001847  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  23.57 
 
 		 510 aa  45.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3722  hypothetical protein  24.07 
 
 		 514 aa  45.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40259  predicted protein  26.4 
 
 		 316 aa  45.1  0.005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0644688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5354  hypothetical protein  27.49 
 
 		 514 aa  45.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0443  Spermine synthase  28.09 
 
 		 293 aa  45.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0309  spermidine synthase  31.58 
 
 		 271 aa  44.7  0.006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  30.25 
 
 		 287 aa  44.7  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>