98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A2651 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_1613  spermine synthase  59.73 
 
 
753 aa  686    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0627097  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2535  putative spermidine synthase  62.36 
 
 
765 aa  817    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0785  putative spermidine synthase  60.51 
 
 
759 aa  806    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2651  putative spermidine synthase  100 
 
 
765 aa  1531    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04883  putative integral membrane protein  35.24 
 
 
494 aa  206  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3570  spermine synthase  28.63 
 
 
803 aa  172  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.960569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2892  spermine synthase  28.9 
 
 
876 aa  161  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1363  spermine synthase  27.79 
 
 
819 aa  159  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.871378  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  29.22 
 
 
1078 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  29.22 
 
 
1078 aa  153  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  29.31 
 
 
1079 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3160  Spermine synthase  27.95 
 
 
982 aa  140  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.687582  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2502  spermine/spermidine synthase family protein  26.37 
 
 
1017 aa  139  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0583  spermine synthase  28.55 
 
 
837 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3050  spermine synthase  26.72 
 
 
842 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1825  spermine synthase  25.24 
 
 
991 aa  125  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5606  Spermine synthase  27.38 
 
 
758 aa  124  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3618  spermine synthase  27.22 
 
 
835 aa  124  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0540  Spermine synthase  25.04 
 
 
782 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4527  Spermine synthase  25.96 
 
 
844 aa  114  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0178868 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2131  spermine/spermidine synthase family transmembrane protein  28.31 
 
 
830 aa  109  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355306  normal  0.0157921 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3062  spermine synthase  28.96 
 
 
983 aa  99.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0266  Spermine synthase  23.87 
 
 
749 aa  98.6  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0517  spermine synthase  26.1 
 
 
836 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1296  putative spermine/spermidine synthase family protein  26.32 
 
 
875 aa  74.3  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  23.99 
 
 
533 aa  62.4  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  24.75 
 
 
502 aa  59.7  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  23.44 
 
 
508 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4321  hypothetical protein  31.82 
 
 
220 aa  58.5  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  33.04 
 
 
522 aa  57.8  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  32.17 
 
 
533 aa  56.2  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  24.47 
 
 
520 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1032  spermine synthase  32.43 
 
 
1040 aa  56.6  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.251228  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1994  spermidine synthase  30.71 
 
 
757 aa  56.2  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  26.32 
 
 
903 aa  55.1  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  27.94 
 
 
521 aa  53.5  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0905  Spermine synthase  35.59 
 
 
805 aa  53.5  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0140843 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1819  putative transferase  30.12 
 
 
235 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2160  hypothetical protein  30.12 
 
 
235 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  28.81 
 
 
289 aa  52  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  29.41 
 
 
248 aa  52  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04884  spermine/spermidine synthase family protein  41.03 
 
 
92 aa  51.6  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.934898  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1326  spermidine synthase  28.1 
 
 
295 aa  51.2  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  23.1 
 
 
520 aa  50.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  23.1 
 
 
520 aa  50.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  25.36 
 
 
520 aa  50.4  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  30.51 
 
 
286 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  30.51 
 
 
286 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  27.97 
 
 
286 aa  48.9  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  27.97 
 
 
286 aa  48.9  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  27.97 
 
 
286 aa  49.3  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  21.53 
 
 
515 aa  48.9  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  27.97 
 
 
286 aa  48.9  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  27.97 
 
 
286 aa  48.9  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  27.59 
 
 
304 aa  48.9  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  25.73 
 
 
519 aa  49.3  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  27.73 
 
 
292 aa  48.9  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  29.66 
 
 
286 aa  48.9  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  30.7 
 
 
523 aa  48.5  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  24.11 
 
 
538 aa  48.1  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0668  spermidine synthase  29.29 
 
 
273 aa  48.5  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.672197  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1879  Spermine synthase  28.47 
 
 
287 aa  48.1  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0488  spermidine synthase  28.77 
 
 
277 aa  48.1  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000641505  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  28.68 
 
 
528 aa  48.1  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  21.57 
 
 
516 aa  48.1  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0131  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.316229  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  22.83 
 
 
498 aa  47.8  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  31.36 
 
 
326 aa  47.8  0.0007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0128  spermidine synthase  27.97 
 
 
288 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1864  spermidine synthase  28.81 
 
 
286 aa  46.2  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174037  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  28.57 
 
 
375 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  27.97 
 
 
287 aa  46.2  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0570  spermidine synthase  27.27 
 
 
302 aa  46.2  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.758892  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  26.61 
 
 
528 aa  45.8  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  27.49 
 
 
307 aa  45.8  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1023  spermidine synthase  29.21 
 
 
296 aa  45.8  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3482  spermidine synthase  29.21 
 
 
296 aa  45.8  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00378102  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3354  spermidine synthase  29.21 
 
 
296 aa  45.8  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000276507  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0114  spermidine synthase  27.12 
 
 
288 aa  45.4  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000001847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2055  spermidine synthase  28.81 
 
 
286 aa  45.4  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1075  spermidine synthase  29.07 
 
 
289 aa  45.4  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000310388  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_55177  spermine/spermidine synthase  26.96 
 
 
299 aa  45.4  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  27.12 
 
 
349 aa  45.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  27.97 
 
 
291 aa  45.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1417  spermidine synthase  26.09 
 
 
288 aa  45.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4001  spermidine synthase  30.34 
 
 
287 aa  45.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0371  hypothetical protein  28.32 
 
 
517 aa  44.7  0.007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  20.49 
 
 
558 aa  44.7  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  24.43 
 
 
521 aa  44.3  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  26.05 
 
 
499 aa  44.3  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0182  spermidine synthase  27.87 
 
 
284 aa  44.3  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000125359  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2169  spermidine synthase  31.82 
 
 
296 aa  44.3  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>