289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0701 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  65.03 
 
 		 515 aa  642    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  100 
 
 		 533 aa  1061    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  65.06 
 
 		 519 aa  580  1e-164  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  62.75 
 
 		 538 aa  566  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  59.19 
 
 		 528 aa  560  1e-158  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  57.36 
 
 		 521 aa  537  1e-151  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  50.72 
 
 		 522 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  43.94 
 
 		 498 aa  396  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  41.26 
 
 		 508 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  46.69 
 
 		 520 aa  378  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  47.15 
 
 		 520 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  47.15 
 
 		 520 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  43.65 
 
 		 521 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  46.59 
 
 		 523 aa  368  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0816  spermidine synthase  42.44 
 
 		 504 aa  364  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072046  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  41.75 
 
 		 503 aa  361  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  41.43 
 
 		 499 aa  360  3e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  42.27 
 
 		 528 aa  360  4e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  41.22 
 
 		 536 aa  359  6e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  42.04 
 
 		 504 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  42.04 
 
 		 504 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  42.04 
 
 		 504 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4273  spermidine synthase  42.24 
 
 		 504 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0733287 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4800  spermidine synthase  42.24 
 
 		 504 aa  355  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.654715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  40.94 
 
 		 527 aa  351  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  41.83 
 
 		 503 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  41.21 
 
 		 510 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  41.57 
 
 		 521 aa  342  1e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1222  spermidine synthase  37.85 
 
 		 510 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00106657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  40.51 
 
 		 514 aa  337  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  41.49 
 
 		 510 aa  336  5e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  41.49 
 
 		 525 aa  335  1e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4120  spermidine synthase  41.03 
 
 		 525 aa  333  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139425  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4232  spermidine synthase  41.03 
 
 		 525 aa  333  5e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.716937  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  40.54 
 
 		 520 aa  320  6e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  37.5 
 
 		 529 aa  295  1e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0855  spermidine synthase  36.42 
 
 		 567 aa  284  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481823  normal  0.101312 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4189  spermidine synthase  32.23 
 
 		 568 aa  250  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0906  spermidine synthase  31.93 
 
 		 570 aa  244  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.975863  normal  0.296256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3480  spermidine synthase  32.73 
 
 		 575 aa  240  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.212317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3112  spermidine synthase  32.85 
 
 		 577 aa  229  7e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0924  spermidine synthase  35.6 
 
 		 574 aa  229  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.305846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0724  spermidine synthase  32.91 
 
 		 576 aa  229  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105401  hitchhiker  0.00000291342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0860  spermidine synthase  33.03 
 
 		 577 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.801712 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0914  spermidine synthase  35.6 
 
 		 574 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.013206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3089  spermidine synthase  35.19 
 
 		 574 aa  228  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170369  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0890  spermidine synthase  35.6 
 
 		 574 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.164164  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0829  spermidine synthase  32.6 
 
 		 577 aa  228  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3448  spermidine synthase  35.6 
 
 		 574 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0193946  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2666  spermidine synthase  33.15 
 
 		 571 aa  226  7e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00544767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3836  spermidine synthase  33.71 
 
 		 595 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0396024  unclonable  0.000000000324026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0625  spermidine synthase  33.65 
 
 		 575 aa  224  4e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.415321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3763  spermidine synthase  32.49 
 
 		 574 aa  221  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0699  spermidine synthase  33.39 
 
 		 566 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000065174  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3264  spermidine synthase  32.9 
 
 		 586 aa  209  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.239403  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5377  spermidine synthase  47.91 
 
 		 375 aa  184  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5060  spermidine synthase  47.69 
 
 		 360 aa  181  4e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5445  spermidine synthase  47.69 
 
 		 360 aa  181  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5627  spermidine synthase  47.22 
 
 		 360 aa  181  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000165937 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5301  spermidine synthase  47.69 
 
 		 360 aa  180  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000883431 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5332  spermidine synthase  46.76 
 
 		 363 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4905  spermidine synthase  47.69 
 
 		 369 aa  179  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4890  spermidine synthase  48.15 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2430  Spermine synthase  29.52 
 
 		 529 aa  148  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.514854  hitchhiker  0.00202916 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1565  Spermine synthase  35.38 
 
 		 312 aa  140  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.673187  normal  0.0572452 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  37.71 
 
 		 314 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  36.79 
 
 		 305 aa  133  7.999999999999999e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0383  spermine synthase  37.09 
 
 		 291 aa  132  2.0000000000000002e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  34.51 
 
 		 283 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  32.91 
 
 		 304 aa  124  5e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  35 
 
 		 326 aa  124  6e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  35.05 
 
 		 289 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0239  spermine synthase  35.32 
 
 		 291 aa  121  3e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.435342 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  37.19 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1460  Spermine synthase  33.64 
 
 		 304 aa  120  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1312  spermine synthase  35.05 
 
 		 291 aa  120  7e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.690465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0284  spermine synthase  33.8 
 
 		 289 aa  118  3e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.774661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0886  spermidine synthase  33.19 
 
 		 310 aa  117  6.9999999999999995e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.176516 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  31.9 
 
 		 301 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  32.41 
 
 		 276 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  34.87 
 
 		 292 aa  114  6e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2020  Spermine synthase  31.42 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2046  Spermine synthase  31.42 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.839676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  35.94 
 
 		 375 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1825  spermidine synthase  34.83 
 
 		 280 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1086  spermidine synthase  34.33 
 
 		 280 aa  110  5e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0060  spermidine synthase  34.13 
 
 		 281 aa  110  5e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0831  spermidine synthase  34.33 
 
 		 280 aa  110  6e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1879  Spermine synthase  34.39 
 
 		 287 aa  109  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  35.48 
 
 		 349 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  35.04 
 
 		 283 aa  109  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4961  Spermine synthase  31.67 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.787243 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1979  spermidine synthase  35.85 
 
 		 275 aa  107  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000450983  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  27.72 
 
 		 277 aa  107  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2836  spermidine synthase  32 
 
 		 287 aa  107  8e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0722  spermidine synthase  32.78 
 
 		 308 aa  106  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.145284  normal  0.441683 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2857  spermidine synthase  33.65 
 
 		 817 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00246642  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0602  spermidine synthase  31.68 
 
 		 279 aa  105  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0896  spermidine synthase  33.33 
 
 		 279 aa  105  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0206  spermidine synthase  33.99 
 
 		 277 aa  104  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>