248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3763 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3763  spermidine synthase  100 
 
 		 574 aa  1164    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3089  spermidine synthase  89.9 
 
 		 574 aa  1010    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0914  spermidine synthase  91.11 
 
 		 574 aa  1041    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.013206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0724  spermidine synthase  80.46 
 
 		 576 aa  922    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105401  hitchhiker  0.00000291342 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3480  spermidine synthase  80.42 
 
 		 575 aa  914    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.212317  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0924  spermidine synthase  91.46 
 
 		 574 aa  1048    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.305846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0699  spermidine synthase  76.52 
 
 		 566 aa  847    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000065174  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3112  spermidine synthase  94.11 
 
 		 577 aa  1075    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0860  spermidine synthase  94.45 
 
 		 577 aa  1080    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.801712 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3836  spermidine synthase  80.63 
 
 		 595 aa  933    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0396024  unclonable  0.000000000324026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3264  spermidine synthase  77.52 
 
 		 586 aa  865    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.239403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0829  spermidine synthase  94.28 
 
 		 577 aa  1078    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2666  spermidine synthase  63.51 
 
 		 571 aa  714    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00544767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0906  spermidine synthase  59.82 
 
 		 570 aa  653    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.975863  normal  0.296256 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0625  spermidine synthase  78.57 
 
 		 575 aa  908    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.415321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0890  spermidine synthase  90.77 
 
 		 574 aa  1037    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.164164  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3448  spermidine synthase  91.11 
 
 		 574 aa  1043    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0193946  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4189  spermidine synthase  58.24 
 
 		 568 aa  630  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  33.86 
 
 		 515 aa  235  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  31.57 
 
 		 528 aa  233  6e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  30.41 
 
 		 528 aa  231  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  32.49 
 
 		 533 aa  231  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0816  spermidine synthase  33.15 
 
 		 504 aa  230  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072046  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  29.78 
 
 		 508 aa  229  8e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  29.82 
 
 		 521 aa  229  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  32.07 
 
 		 538 aa  229  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  28.49 
 
 		 498 aa  227  4e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4800  spermidine synthase  33.33 
 
 		 504 aa  227  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.654715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4273  spermidine synthase  33.15 
 
 		 504 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0733287 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  32.8 
 
 		 504 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  32.8 
 
 		 504 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  32.8 
 
 		 504 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  33.09 
 
 		 499 aa  222  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  31.61 
 
 		 503 aa  220  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  29.14 
 
 		 510 aa  217  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  28.98 
 
 		 521 aa  215  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  29.35 
 
 		 527 aa  214  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  31.78 
 
 		 503 aa  212  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  30.88 
 
 		 525 aa  211  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4232  spermidine synthase  30.33 
 
 		 525 aa  210  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.716937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4120  spermidine synthase  30.33 
 
 		 525 aa  210  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139425  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  35.23 
 
 		 519 aa  210  5e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  31.07 
 
 		 510 aa  210  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  30.34 
 
 		 536 aa  207  5e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  29.97 
 
 		 521 aa  204  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  28.34 
 
 		 514 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1222  spermidine synthase  27.09 
 
 		 510 aa  192  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00106657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0855  spermidine synthase  31.71 
 
 		 567 aa  184  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481823  normal  0.101312 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  31.13 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  31.13 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  27.31 
 
 		 529 aa  169  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  31.13 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  32.66 
 
 		 522 aa  168  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  32.33 
 
 		 523 aa  160  6e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5332  spermidine synthase  41.18 
 
 		 363 aa  148  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  28.43 
 
 		 520 aa  147  5e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4905  spermidine synthase  39.64 
 
 		 369 aa  143  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5301  spermidine synthase  39.64 
 
 		 360 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000883431 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5377  spermidine synthase  38.33 
 
 		 375 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5060  spermidine synthase  41.18 
 
 		 360 aa  141  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4890  spermidine synthase  40.09 
 
 		 405 aa  141  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5445  spermidine synthase  41.18 
 
 		 360 aa  141  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5627  spermidine synthase  41.18 
 
 		 360 aa  141  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000165937 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  33.9 
 
 		 303 aa  120  7e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0722  spermidine synthase  32.49 
 
 		 308 aa  107  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.145284  normal  0.441683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0886  spermidine synthase  27.45 
 
 		 310 aa  107  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.176516 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0383  spermine synthase  32.49 
 
 		 291 aa  107  6e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0239  spermine synthase  31.03 
 
 		 291 aa  106  1e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.435342 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  32.49 
 
 		 289 aa  104  4e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1778  spermidine synthase  29.84 
 
 		 283 aa  104  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.251916  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2020  Spermine synthase  30.08 
 
 		 308 aa  103  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2046  Spermine synthase  30.08 
 
 		 308 aa  103  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.839676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  28.52 
 
 		 304 aa  103  1e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  31.76 
 
 		 305 aa  103  1e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1312  spermine synthase  30.09 
 
 		 291 aa  103  1e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.690465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2353  spermidine synthase  29.93 
 
 		 307 aa  102  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18951  spermidine synthase  27.01 
 
 		 283 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.454611  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  29.75 
 
 		 326 aa  102  3e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18761  spermidine synthase  28.86 
 
 		 283 aa  101  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.443872  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1395  Spermine synthase  29.17 
 
 		 285 aa  100  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0284  spermine synthase  29.44 
 
 		 289 aa  100  7e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.774661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4001  spermidine synthase  28.41 
 
 		 287 aa  99.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3354  spermidine synthase  27.81 
 
 		 296 aa  97.8  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000276507  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  29.41 
 
 		 283 aa  98.2  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3482  spermidine synthase  27.81 
 
 		 296 aa  97.8  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00378102  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  31.62 
 
 		 301 aa  97.4  6e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2836  spermidine synthase  30.9 
 
 		 287 aa  97.4  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  31.13 
 
 		 328 aa  96.3  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  30.95 
 
 		 283 aa  96.3  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1460  Spermine synthase  32.72 
 
 		 304 aa  96.7  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1023  spermidine synthase  27.48 
 
 		 296 aa  96.3  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1016  spermidine synthase  28 
 
 		 287 aa  95.5  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  27.92 
 
 		 287 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2857  spermidine synthase  30.34 
 
 		 817 aa  96.3  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00246642  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  29.33 
 
 		 286 aa  95.5  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0628  spermidine synthase  28.57 
 
 		 286 aa  95.5  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.414724  normal  0.905176 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4961  Spermine synthase  29.5 
 
 		 313 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.787243 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2430  Spermine synthase  23.75 
 
 		 529 aa  94.4  5e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.514854  hitchhiker  0.00202916 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0668  spermidine synthase  28.32 
 
 		 273 aa  94.4  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.672197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1627  spermidine synthase  30.17 
 
 		 290 aa  94.4  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>