250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3836 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0890  spermidine synthase  80.99 
 
 		 574 aa  924    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.164164  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3763  spermidine synthase  80.63 
 
 		 574 aa  919    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3480  spermidine synthase  80.46 
 
 		 575 aa  920    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.212317  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3836  spermidine synthase  100 
 
 		 595 aa  1216    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0396024  unclonable  0.000000000324026 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0924  spermidine synthase  81.34 
 
 		 574 aa  933    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.305846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0699  spermidine synthase  75.62 
 
 		 566 aa  866    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000065174  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3112  spermidine synthase  80.99 
 
 		 577 aa  929    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0860  spermidine synthase  81.02 
 
 		 577 aa  935    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.801712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0625  spermidine synthase  80.71 
 
 		 575 aa  927    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.415321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3089  spermidine synthase  80.67 
 
 		 574 aa  914    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3264  spermidine synthase  76.69 
 
 		 586 aa  875    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.239403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0914  spermidine synthase  81.16 
 
 		 574 aa  927    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.013206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0829  spermidine synthase  81.35 
 
 		 577 aa  934    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2666  spermidine synthase  64.88 
 
 		 571 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00544767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0906  spermidine synthase  58.63 
 
 		 570 aa  642    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.975863  normal  0.296256 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0724  spermidine synthase  89.86 
 
 		 576 aa  1046    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105401  hitchhiker  0.00000291342 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3448  spermidine synthase  81.16 
 
 		 574 aa  929    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0193946  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4189  spermidine synthase  56.23 
 
 		 568 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  35.71 
 
 		 515 aa  243  5e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0816  spermidine synthase  33.45 
 
 		 504 aa  233  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072046  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  33.27 
 
 		 533 aa  232  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  31.13 
 
 		 508 aa  230  5e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4273  spermidine synthase  33.45 
 
 		 504 aa  230  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0733287 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  33.99 
 
 		 504 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  33.99 
 
 		 504 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  33.99 
 
 		 504 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4800  spermidine synthase  33.45 
 
 		 504 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.654715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  31.2 
 
 		 538 aa  226  8e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  30.97 
 
 		 528 aa  225  2e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  31.95 
 
 		 503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  30.47 
 
 		 528 aa  219  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  30.31 
 
 		 521 aa  217  5e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  31.19 
 
 		 521 aa  217  5e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  32.66 
 
 		 499 aa  216  7e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  31.69 
 
 		 519 aa  216  9.999999999999999e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  30.13 
 
 		 536 aa  207  4e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  30.34 
 
 		 510 aa  206  8e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  30.49 
 
 		 514 aa  206  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  28.52 
 
 		 498 aa  206  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  30.34 
 
 		 521 aa  206  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4232  spermidine synthase  31.19 
 
 		 525 aa  206  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.716937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4120  spermidine synthase  31.19 
 
 		 525 aa  206  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139425  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  30.12 
 
 		 525 aa  204  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  30.19 
 
 		 510 aa  204  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  33.33 
 
 		 503 aa  204  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  28.94 
 
 		 527 aa  202  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1222  spermidine synthase  28.47 
 
 		 510 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00106657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0855  spermidine synthase  30.19 
 
 		 567 aa  183  7e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481823  normal  0.101312 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  35.54 
 
 		 520 aa  178  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  35.34 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  35.34 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  28.72 
 
 		 522 aa  170  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  27.01 
 
 		 529 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  33.95 
 
 		 523 aa  169  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  28.91 
 
 		 520 aa  142  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5301  spermidine synthase  34.69 
 
 		 360 aa  141  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000883431 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5332  spermidine synthase  39.17 
 
 		 363 aa  141  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5627  spermidine synthase  40.87 
 
 		 360 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000165937 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5060  spermidine synthase  38.03 
 
 		 360 aa  140  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4905  spermidine synthase  39.17 
 
 		 369 aa  140  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5445  spermidine synthase  38.03 
 
 		 360 aa  140  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5377  spermidine synthase  38.33 
 
 		 375 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4890  spermidine synthase  37.87 
 
 		 405 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  32.45 
 
 		 303 aa  118  3e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  33.5 
 
 		 289 aa  114  6e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0239  spermine synthase  31.9 
 
 		 291 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.435342 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1312  spermine synthase  34.34 
 
 		 291 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.690465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18761  spermidine synthase  33.59 
 
 		 283 aa  112  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.443872  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1778  spermidine synthase  31.8 
 
 		 283 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.251916  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0284  spermine synthase  30.64 
 
 		 289 aa  109  1e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.774661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18951  spermidine synthase  29.62 
 
 		 283 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.454611  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  32.07 
 
 		 304 aa  106  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  29.66 
 
 		 305 aa  106  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0383  spermine synthase  31.47 
 
 		 291 aa  104  4e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  27.7 
 
 		 277 aa  104  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  29.41 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0722  spermidine synthase  29.95 
 
 		 308 aa  101  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.145284  normal  0.441683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0886  spermidine synthase  27.64 
 
 		 310 aa  101  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.176516 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  31.62 
 
 		 301 aa  99  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4001  spermidine synthase  27.72 
 
 		 287 aa  99.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  26.98 
 
 		 326 aa  97.4  6e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2857  spermidine synthase  27.87 
 
 		 817 aa  97.4  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00246642  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1086  spermidine synthase  25.65 
 
 		 280 aa  97.4  7e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0602  spermidine synthase  26.89 
 
 		 279 aa  96.3  1e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1627  spermidine synthase  27.24 
 
 		 290 aa  95.9  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0488  spermidine synthase  26.18 
 
 		 277 aa  95.5  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000641505  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2020  Spermine synthase  28.99 
 
 		 308 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2046  Spermine synthase  28.99 
 
 		 308 aa  94.7  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.839676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0668  spermidine synthase  27.37 
 
 		 273 aa  94.4  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.672197  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  28.57 
 
 		 276 aa  94.4  6e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0896  spermidine synthase  26.07 
 
 		 279 aa  93.6  9e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  30.67 
 
 		 328 aa  93.6  9e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3354  spermidine synthase  26.86 
 
 		 296 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000276507  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  30.33 
 
 		 283 aa  92.8  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3482  spermidine synthase  26.86 
 
 		 296 aa  92.8  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00378102  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1395  Spermine synthase  27.7 
 
 		 285 aa  92.4  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  29.8 
 
 		 349 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1460  Spermine synthase  32.43 
 
 		 304 aa  92.8  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1825  spermidine synthase  24.54 
 
 		 280 aa  92.8  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1016  spermidine synthase  27.21 
 
 		 287 aa  92.8  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>