More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3129 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3129  spermidine synthase  100 
 
 		 287 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1016  spermidine synthase  83.97 
 
 		 287 aa  521  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2836  spermidine synthase  84.67 
 
 		 287 aa  518  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3354  spermidine synthase  84.1 
 
 		 296 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000276507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1023  spermidine synthase  83.75 
 
 		 296 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4001  spermidine synthase  84.81 
 
 		 287 aa  515  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3482  spermidine synthase  84.1 
 
 		 296 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00378102  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0131  spermidine synthase  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.316229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0128  spermidine synthase  78.45 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  78.09 
 
 		 288 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  77.39 
 
 		 286 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  77.39 
 
 		 286 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0114  spermidine synthase  77.39 
 
 		 288 aa  473  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000001847  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  77.39 
 
 		 286 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  77.39 
 
 		 286 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  77.39 
 
 		 286 aa  472  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  77.03 
 
 		 289 aa  468  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  63.44 
 
 		 291 aa  391  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1864  spermidine synthase  63.57 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2055  spermidine synthase  62.86 
 
 		 286 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  62.82 
 
 		 286 aa  380  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  63.18 
 
 		 286 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1964  spermidine synthase  59.44 
 
 		 291 aa  371  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.569543  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  61.73 
 
 		 286 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0273  spermidine synthase  60.22 
 
 		 276 aa  345  4e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000512429  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  53.21 
 
 		 283 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1389  spermidine synthase  57.04 
 
 		 284 aa  309  4e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0583  spermidine synthase  51.82 
 
 		 290 aa  288  8e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2191  spermidine synthase  49.47 
 
 		 287 aa  286  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0536  spermidine synthase  47.06 
 
 		 289 aa  262  4.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.326149  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  42.5 
 
 		 277 aa  232  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0515  spermidine synthase  42.01 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0529  spermidine synthase  41.61 
 
 		 283 aa  230  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0206  spermidine synthase  42.96 
 
 		 277 aa  224  9e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1979  spermidine synthase  39.27 
 
 		 275 aa  218  7.999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000450983  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2794  spermidine synthase  39.45 
 
 		 286 aa  217  2e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0694  spermidine synthase  38.63 
 
 		 275 aa  217  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.251821  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0182  spermidine synthase  39.51 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000125359  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1326  spermidine synthase  41.76 
 
 		 295 aa  211  7.999999999999999e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0277  spermidine synthase  39.3 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.173175  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0570  spermidine synthase  38.06 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.758892  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2169  spermidine synthase  42.86 
 
 		 296 aa  211  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0275  spermidine synthase  38.95 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0154876  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0488  spermidine synthase  39.71 
 
 		 277 aa  208  9e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000641505  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1417  spermidine synthase  38.32 
 
 		 288 aa  207  1e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_55177  spermine/spermidine synthase  40.73 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1314  spermidine synthase  39.29 
 
 		 278 aa  204  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0602  spermidine synthase  39.01 
 
 		 279 aa  203  2e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1825  spermidine synthase  39.3 
 
 		 280 aa  203  3e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1086  spermidine synthase  38.95 
 
 		 280 aa  203  3e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2353  spermidine synthase  39.58 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0896  spermidine synthase  38.21 
 
 		 279 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3054  spermidine synthase  36.4 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0831  spermidine synthase  38.6 
 
 		 280 aa  199  5e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0668  spermidine synthase  39.23 
 
 		 273 aa  199  6e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.672197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1627  spermidine synthase  38.3 
 
 		 290 aa  199  6e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40259  predicted protein  38.04 
 
 		 316 aa  198  7.999999999999999e-50  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0644688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1816  spermidine synthase  39.27 
 
 		 283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.150426  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00687  SPEE_NEUCR Spermidine synthase (Putrescine aminopropyltransferase) (SPDSY)Spermidine synthase ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96UK1]  36.62 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0245042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5164  spermidine synthase  39.49 
 
 		 275 aa  196  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13386  spermine/spermidine synthase  36.09 
 
 		 275 aa  196  3e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5500  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5219  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5051  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5619  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5548  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2546  spermidine synthase  38.68 
 
 		 291 aa  195  9e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5492  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5458  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  195  9e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5067  spermidine synthase  38.77 
 
 		 275 aa  193  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.694497  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5462  spermidine synthase  39.13 
 
 		 275 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3351  spermidine synthase  39.01 
 
 		 275 aa  192  4e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000337487  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3884  spermidine synthase  39.35 
 
 		 275 aa  191  9e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0309  spermidine synthase  39.86 
 
 		 271 aa  191  2e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  36.25 
 
 		 276 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3461  spermidine synthase  39.5 
 
 		 278 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84352  predicted protein  35.21 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  37.23 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3567  spermidine synthase  41.92 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  37.5 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0060  spermidine synthase  37.5 
 
 		 281 aa  185  7e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2930  spermidine synthase  35.66 
 
 		 275 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4087  spermidine synthase  35.79 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1075  spermidine synthase  33.8 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000310388  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0521  spermidine synthase  35.86 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2794  spermidine synthase  36.43 
 
 		 279 aa  176  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.401374  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1199  spermidine synthase  36.02 
 
 		 279 aa  176  3e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.928058  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1460  Spermine synthase  36.27 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  37.24 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3123  spermidine synthase  34.04 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.873579  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0073  spermidine synthase  35.54 
 
 		 286 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.116459  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01150  spermidine synthase, putative  35.11 
 
 		 748 aa  172  5.999999999999999e-42  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  35.32 
 
 		 314 aa  172  6.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0119  spermidine synthase  34.88 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  35.77 
 
 		 326 aa  170  2e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>