118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2922 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2922  putative outer membrane receptor signal peptide protein  100 
 
 		 699 aa  1413    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3944  TonB-dependent receptor  50.8 
 
 		 689 aa  650    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.677577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2798  putative outer membrane receptor signal peptide protein  51.46 
 
 		 722 aa  659    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.975651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5240  TonB-dependent receptor  51.53 
 
 		 723 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1233  TonB-dependent receptor  47.24 
 
 		 705 aa  619  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.345328  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  51.14 
 
 		 712 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3038  TonB-dependent receptor  50.91 
 
 		 740 aa  612  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2413  TonB-dependent receptor, plug  50.08 
 
 		 718 aa  605  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0232072  normal  0.0153197 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5682  TonB-dependent receptor plug  49.39 
 
 		 672 aa  595  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1004  TonB-dependent receptor plug  49.54 
 
 		 689 aa  587  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142326 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1684  TonB-dependent receptor  44.51 
 
 		 717 aa  547  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0676339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6192  putative outer membrane receptor  46.05 
 
 		 765 aa  545  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.893416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2872  TonB-dependent receptor  43.65 
 
 		 676 aa  527  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3541  TonB-dependent receptor  44.27 
 
 		 692 aa  527  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0737  TonB-dependent receptor, putative  44.51 
 
 		 692 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  43.7 
 
 		 678 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  41.42 
 
 		 765 aa  501  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01572  TonB-dependent receptor, putative  42.77 
 
 		 686 aa  495  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0345  TonB-dependent receptor  38.63 
 
 		 678 aa  387  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 		 736 aa  323  7e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  32.53 
 
 		 760 aa  322  1.9999999999999998e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 734 aa  312  1e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 757 aa  307  4.0000000000000004e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1015  tonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 750 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4827  TonB-dependent receptor, plug  30.46 
 
 		 748 aa  301  2e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  26.55 
 
 		 733 aa  150  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 		 704 aa  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 		 704 aa  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  23.08 
 
 		 709 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  24.43 
 
 		 708 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 728 aa  61.6  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 638 aa  61.2  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  24.75 
 
 		 692 aa  59.7  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3263  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 860 aa  59.7  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.327376  hitchhiker  0.00174671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 686 aa  59.7  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 700 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  22.97 
 
 		 711 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 700 aa  58.5  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 700 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 742 aa  58.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 700 aa  58.2  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 700 aa  58.2  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 700 aa  58.2  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  22.13 
 
 		 788 aa  57  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.75 
 
 		 706 aa  57  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 		 780 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.44 
 
 		 706 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.44 
 
 		 721 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.36 
 
 		 700 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.36 
 
 		 700 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.44 
 
 		 706 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  24.24 
 
 		 763 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 700 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  28.5 
 
 		 689 aa  55.5  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  25.53 
 
 		 738 aa  55.5  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.12 
 
 		 706 aa  55.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 704 aa  53.9  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3521  TonB-dependent siderophore receptor  23.81 
 
 		 699 aa  53.5  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  23.1 
 
 		 762 aa  53.9  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  29.88 
 
 		 860 aa  53.9  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  21.94 
 
 		 713 aa  53.1  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  27.08 
 
 		 736 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  28.66 
 
 		 710 aa  52  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 694 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 681 aa  51.6  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  24.7 
 
 		 701 aa  50.4  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  23.74 
 
 		 697 aa  50.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 768 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  23.4 
 
 		 696 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  26.06 
 
 		 732 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  25.48 
 
 		 850 aa  49.7  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  29.89 
 
 		 822 aa  49.3  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 704 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  28.32 
 
 		 722 aa  49.7  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  27.18 
 
 		 734 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  22.73 
 
 		 680 aa  48.9  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0772  TonB-dependent receptor plug  26.5 
 
 		 800 aa  49.3  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578903 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1202  TonB-dependent siderophore receptor  26.06 
 
 		 714 aa  48.5  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534631  normal  0.117708 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  33.33 
 
 		 716 aa  48.5  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  23.99 
 
 		 710 aa  48.1  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  20.14 
 
 		 712 aa  48.1  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000188322  hitchhiker  0.0000171512 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1594  TonB-dependent siderophore receptor  25.56 
 
 		 734 aa  47.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000849595  hitchhiker  0.00416618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  23.4 
 
 		 696 aa  47.4  0.0009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  24.07 
 
 		 760 aa  47.4  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 		 722 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2237  TonB domain-containing protein  28.21 
 
 		 797 aa  47  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.441448  normal  0.673807 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  25.54 
 
 		 792 aa  47.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 672 aa  47.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.88 
 
 		 743 aa  47.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 720 aa  46.2  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 687 aa  46.2  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6070  TonB-dependent siderophore receptor  24.41 
 
 		 729 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  28.23 
 
 		 779 aa  45.8  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 720 aa  45.4  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 688 aa  45.4  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 678 aa  45.8  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.54 
 
 		 666 aa  45.8  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  21.89 
 
 		 719 aa  45.8  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4206  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 752 aa  45.8  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.315685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1961  TonB-dependent siderophore receptor  20.7 
 
 		 705 aa  45.4  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.353089 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>