More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4206 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4206  TonB-dependent receptor  100 
 
 
752 aa  1505    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.315685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  34.12 
 
 
822 aa  359  8e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  33.58 
 
 
784 aa  348  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4347  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 
795 aa  346  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 
734 aa  341  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0686  TonB-dependent receptor  33.06 
 
 
777 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  32.47 
 
 
856 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2420  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 
777 aa  301  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.180435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 
753 aa  287  4e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 
802 aa  287  5e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  29.55 
 
 
771 aa  249  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  30 
 
 
712 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 
791 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0931  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 
747 aa  243  7.999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171223  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1673  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 
757 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2711  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 
766 aa  235  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.918859  normal  0.60729 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5246  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 
762 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.751713 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0535  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 
808 aa  231  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2612  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 
807 aa  228  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
763 aa  228  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 
742 aa  227  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
780 aa  227  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 
780 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2226  TonB-dependent receptor, plug  29.11 
 
 
785 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2647  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 
847 aa  217  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.492144  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3168  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 
795 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.43685  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  28.27 
 
 
889 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  28 
 
 
781 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3941  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 
792 aa  209  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
747 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
771 aa  193  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 
753 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0613  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 
808 aa  182  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234778  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 
774 aa  182  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  26.69 
 
 
695 aa  181  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2650  TonB-dependent receptor, plug  24.91 
 
 
846 aa  181  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4751  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
795 aa  180  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0405819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3281  TonB-dependent receptor, plug  27.77 
 
 
797 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.475296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 
790 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
775 aa  174  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 
766 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3471  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 
788 aa  173  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104245  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2328  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
786 aa  173  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
720 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 
757 aa  171  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
798 aa  170  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 
710 aa  169  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0767  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 
883 aa  169  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000108797  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2580  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 
806 aa  167  8e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.531005  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2426  TonB-dependent receptor plug  26.22 
 
 
804 aa  166  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812429  normal  0.91606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
761 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 
794 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02386  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 
886 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00704542  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
704 aa  165  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 
700 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 
763 aa  164  7e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 
680 aa  162  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 
713 aa  161  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4008  TonB-dependent receptor plug  34.17 
 
 
365 aa  162  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.139697  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1810  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 
770 aa  161  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
733 aa  160  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
723 aa  160  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 
736 aa  160  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
763 aa  160  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 
751 aa  160  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 
695 aa  160  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 
764 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 
771 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 
724 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
733 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 
713 aa  159  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 
734 aa  158  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  27.84 
 
 
715 aa  156  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0149  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 
802 aa  156  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0289902  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 
767 aa  156  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4332  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 
779 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
785 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
702 aa  152  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 
773 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2383  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
926 aa  151  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 
732 aa  150  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  25 
 
 
789 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
726 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03169  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 
797 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1676  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
875 aa  149  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233734  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1502  TonB-dependent receptor, plug  26.62 
 
 
801 aa  148  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 
809 aa  148  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  26.38 
 
 
776 aa  147  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
755 aa  147  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
731 aa  147  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
761 aa  147  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4129  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 
767 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.108935  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
722 aa  146  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 
749 aa  146  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 
851 aa  145  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 
755 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 
784 aa  145  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 
743 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 
853 aa  144  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 
687 aa  144  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>