72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5240 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2413  TonB-dependent receptor, plug  78.73 
 
 		 718 aa  1153    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0232072  normal  0.0153197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2798  putative outer membrane receptor signal peptide protein  49.26 
 
 		 722 aa  640    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.975651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3038  TonB-dependent receptor  78.74 
 
 		 740 aa  1160    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6192  putative outer membrane receptor  53.99 
 
 		 765 aa  746    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.893416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3944  TonB-dependent receptor  53.56 
 
 		 689 aa  674    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.677577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5682  TonB-dependent receptor plug  57.29 
 
 		 672 aa  762    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1004  TonB-dependent receptor plug  53.63 
 
 		 689 aa  707    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142326 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1233  TonB-dependent receptor  50.08 
 
 		 705 aa  636    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.345328  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  59.94 
 
 		 712 aa  754    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5240  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 723 aa  1468    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2922  putative outer membrane receptor signal peptide protein  52.51 
 
 		 699 aa  622  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2872  TonB-dependent receptor  46.06 
 
 		 676 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3541  TonB-dependent receptor  45.04 
 
 		 692 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0737  TonB-dependent receptor, putative  44.9 
 
 		 692 aa  529  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  44.95 
 
 		 678 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  38.97 
 
 		 765 aa  522  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1684  TonB-dependent receptor  42.86 
 
 		 717 aa  509  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0676339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01572  TonB-dependent receptor, putative  42.02 
 
 		 686 aa  468  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0345  TonB-dependent receptor  36.74 
 
 		 678 aa  346  1e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  32.24 
 
 		 760 aa  340  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  33.07 
 
 		 757 aa  337  5e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  31.98 
 
 		 736 aa  324  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1015  tonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 750 aa  315  9.999999999999999e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  31.5 
 
 		 734 aa  308  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4827  TonB-dependent receptor, plug  30.28 
 
 		 748 aa  298  3e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  26.75 
 
 		 704 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  26.75 
 
 		 704 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  26.87 
 
 		 733 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 687 aa  78.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  26.34 
 
 		 692 aa  72  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  27.71 
 
 		 797 aa  62  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 791 aa  60.1  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 791 aa  58.5  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 742 aa  52.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.71 
 
 		 614 aa  51.2  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 614 aa  50.4  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4026  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 755 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.865466  normal  0.196913 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.33 
 
 		 695 aa  50.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  29.67 
 
 		 696 aa  49.3  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  33.33 
 
 		 716 aa  50.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 692 aa  49.3  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4395  TonB-dependent siderophore receptor  24.2 
 
 		 756 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.421557 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.23 
 
 		 615 aa  49.3  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  29.71 
 
 		 655 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 682 aa  47  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  28.42 
 
 		 673 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 686 aa  46.6  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  29.47 
 
 		 671 aa  47  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.16 
 
 		 631 aa  47  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  28.9 
 
 		 662 aa  46.2  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.96 
 
 		 783 aa  46.6  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  27.81 
 
 		 959 aa  46.6  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.78 
 
 		 616 aa  46.6  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  26.81 
 
 		 703 aa  45.8  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  31.07 
 
 		 646 aa  45.8  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  29.6 
 
 		 628 aa  45.8  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  45.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  30.58 
 
 		 640 aa  45.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1455  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 835 aa  45.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.76 
 
 		 614 aa  44.7  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.32 
 
 		 631 aa  44.7  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  36.99 
 
 		 675 aa  44.7  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  44.7  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.91 
 
 		 617 aa  44.7  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  44.7  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  33.06 
 
 		 671 aa  44.3  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  44.7  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 737 aa  44.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  28.08 
 
 		 613 aa  44.3  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 700 aa  44.3  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 836 aa  44.3  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.22 
 
 		 623 aa  43.9  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>