107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0737 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0737  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 692 aa  1409    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3541  TonB-dependent receptor  92.05 
 
 		 692 aa  1314    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  86.96 
 
 		 678 aa  1210    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01572  TonB-dependent receptor, putative  53.82 
 
 		 686 aa  696    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2798  putative outer membrane receptor signal peptide protein  46.52 
 
 		 722 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.975651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5240  TonB-dependent receptor  45.67 
 
 		 723 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2413  TonB-dependent receptor, plug  45.19 
 
 		 718 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0232072  normal  0.0153197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2922  putative outer membrane receptor signal peptide protein  45.25 
 
 		 699 aa  509  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3944  TonB-dependent receptor  43.11 
 
 		 689 aa  506  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.677577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3038  TonB-dependent receptor  44.51 
 
 		 740 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  43.89 
 
 		 712 aa  499  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2872  TonB-dependent receptor  42.21 
 
 		 676 aa  492  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5682  TonB-dependent receptor plug  41.61 
 
 		 672 aa  477  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1233  TonB-dependent receptor  40.76 
 
 		 705 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.345328  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1004  TonB-dependent receptor plug  42.64 
 
 		 689 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142326 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  40.24 
 
 		 765 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1684  TonB-dependent receptor  39.47 
 
 		 717 aa  461  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0676339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6192  putative outer membrane receptor  39.94 
 
 		 765 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.893416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0345  TonB-dependent receptor  36.15 
 
 		 678 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 734 aa  311  2.9999999999999997e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  31.01 
 
 		 760 aa  308  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 736 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 757 aa  302  1e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1015  tonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 750 aa  300  8e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4827  TonB-dependent receptor, plug  31.14 
 
 		 748 aa  293  9e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  27.29 
 
 		 704 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  27.29 
 
 		 704 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 		 733 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  23.94 
 
 		 692 aa  75.9  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 687 aa  73.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 700 aa  66.6  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 700 aa  65.5  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 700 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 700 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 700 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  24.57 
 
 		 716 aa  62.8  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.73 
 
 		 700 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.73 
 
 		 700 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 744 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 743 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.82 
 
 		 706 aa  59.7  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.82 
 
 		 706 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.82 
 
 		 706 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.82 
 
 		 721 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.82 
 
 		 706 aa  58.5  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  23.57 
 
 		 706 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 743 aa  57.8  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 732 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  22.94 
 
 		 728 aa  56.2  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 742 aa  56.2  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 744 aa  55.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  23.66 
 
 		 705 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 		 798 aa  54.7  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 733 aa  54.3  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 698 aa  53.5  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 733 aa  52.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 729 aa  52  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 712 aa  52  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  20.31 
 
 		 700 aa  51.6  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  23.31 
 
 		 729 aa  51.6  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  21.94 
 
 		 702 aa  50.8  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  21.94 
 
 		 702 aa  50.8  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 715 aa  50.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  22.3 
 
 		 718 aa  50.4  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 736 aa  49.7  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  23.61 
 
 		 720 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  25.38 
 
 		 707 aa  49.3  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001284  putative iron(III) compound receptor  24.37 
 
 		 701 aa  48.5  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000165675  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0089  TonB-dependent siderophore receptor  25.37 
 
 		 699 aa  48.5  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.26085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  24.44 
 
 		 817 aa  48.1  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  23.61 
 
 		 720 aa  48.5  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 706 aa  48.1  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1440  TonB dependent, hydroxamate-type ferrisiderophore, outer membrane receptor  25.37 
 
 		 699 aa  47.8  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453975  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.07 
 
 		 755 aa  47.8  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  25.91 
 
 		 701 aa  47.4  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  22.97 
 
 		 680 aa  47  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.81 
 
 		 614 aa  47  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 715 aa  45.8  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  31.43 
 
 		 646 aa  46.6  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 713 aa  46.2  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 714 aa  46.6  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0155  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 677 aa  46.2  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000133249 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0815  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 714 aa  46.2  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806497  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 710 aa  45.8  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  23.76 
 
 		 714 aa  45.8  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5733  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 		 804 aa  45.4  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0884503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.71 
 
 		 681 aa  45.8  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  23.61 
 
 		 720 aa  45.4  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  23.46 
 
 		 714 aa  45.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 815 aa  45.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 696 aa  45.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  25.15 
 
 		 689 aa  44.7  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 		 720 aa  45.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  23.66 
 
 		 828 aa  44.7  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  22.32 
 
 		 711 aa  44.3  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.45 
 
 		 737 aa  44.3  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.81 
 
 		 614 aa  44.3  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  25.74 
 
 		 736 aa  44.3  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>