125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3944 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2922  putative outer membrane receptor signal peptide protein  52.44 
 
 		 699 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3944  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 689 aa  1415    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.677577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1233  TonB-dependent receptor  48.95 
 
 		 705 aa  643    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.345328  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3038  TonB-dependent receptor  53.41 
 
 		 740 aa  672    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5682  TonB-dependent receptor plug  50.46 
 
 		 672 aa  641    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2413  TonB-dependent receptor, plug  54.02 
 
 		 718 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0232072  normal  0.0153197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2798  putative outer membrane receptor signal peptide protein  55.84 
 
 		 722 aa  748    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.975651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5240  TonB-dependent receptor  53.56 
 
 		 723 aa  672    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  50.77 
 
 		 712 aa  634  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1004  TonB-dependent receptor plug  49.69 
 
 		 689 aa  622  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142326 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2872  TonB-dependent receptor  47.09 
 
 		 676 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1684  TonB-dependent receptor  45.74 
 
 		 717 aa  590  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0676339  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  42.84 
 
 		 765 aa  550  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6192  putative outer membrane receptor  44.82 
 
 		 765 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.893416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3541  TonB-dependent receptor  43.4 
 
 		 692 aa  514  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  43.54 
 
 		 678 aa  510  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0737  TonB-dependent receptor, putative  43.11 
 
 		 692 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01572  TonB-dependent receptor, putative  38.86 
 
 		 686 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0345  TonB-dependent receptor  36.32 
 
 		 678 aa  356  7.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  31.5 
 
 		 736 aa  317  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 757 aa  313  4.999999999999999e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 734 aa  310  5.9999999999999995e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1015  tonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 750 aa  306  7e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  30.4 
 
 		 760 aa  298  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4827  TonB-dependent receptor, plug  29.94 
 
 		 748 aa  296  9e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  26.11 
 
 		 733 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  25.9 
 
 		 704 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  25.9 
 
 		 704 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  25.71 
 
 		 692 aa  87  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  22.29 
 
 		 716 aa  65.1  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1655  TonB-dependent siderophore receptor  24.68 
 
 		 656 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 687 aa  62.4  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1175  TonB-dependent siderophore receptor  24.68 
 
 		 749 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 681 aa  60.8  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  23.61 
 
 		 712 aa  60.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1629  TonB-dependent siderophore receptor  23.7 
 
 		 712 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385709 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  21.16 
 
 		 719 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25.99 
 
 		 706 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2580  iron(III) compound receptor  22.86 
 
 		 718 aa  56.6  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000113666  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 683 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  23.23 
 
 		 693 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  23.84 
 
 		 707 aa  55.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  25.4 
 
 		 706 aa  53.9  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  25.67 
 
 		 705 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  24.11 
 
 		 740 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  22.36 
 
 		 680 aa  53.5  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  25.4 
 
 		 706 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.4 
 
 		 721 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 810 aa  53.5  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.4 
 
 		 706 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  25.2 
 
 		 706 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 688 aa  52.8  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2005  TonB-dependent siderophore receptor  21.04 
 
 		 724 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.22147  normal  0.931942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1961  TonB-dependent siderophore receptor  21.04 
 
 		 705 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.353089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  21.35 
 
 		 711 aa  52  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 721 aa  52  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 700 aa  52  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 700 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4239  TonB-dependent siderophore receptor  26.04 
 
 		 781 aa  51.2  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.475083 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 700 aa  50.8  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.29 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2282  TonB-dependent siderophore receptor  21.97 
 
 		 724 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  25.33 
 
 		 729 aa  50.4  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  23.53 
 
 		 733 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4395  TonB-dependent siderophore receptor  22.22 
 
 		 756 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.421557 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.29 
 
 		 700 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  25.73 
 
 		 731 aa  50.1  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  20.06 
 
 		 735 aa  49.3  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  24.03 
 
 		 710 aa  49.7  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 700 aa  49.7  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.53 
 
 		 616 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  27.08 
 
 		 617 aa  49.3  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 700 aa  49.7  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  24.41 
 
 		 713 aa  49.7  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  24 
 
 		 738 aa  48.9  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4026  TonB-dependent siderophore receptor  21.9 
 
 		 755 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.865466  normal  0.196913 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  22.66 
 
 		 713 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  27.92 
 
 		 640 aa  48.5  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  24.52 
 
 		 689 aa  48.1  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4343  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  22.36 
 
 		 713 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 700 aa  48.1  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  21.74 
 
 		 720 aa  48.5  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  20.54 
 
 		 771 aa  47.8  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  20.56 
 
 		 683 aa  47.4  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  23.41 
 
 		 799 aa  47.4  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 798 aa  46.6  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3225  TonB-dependent siderophore receptor  23.65 
 
 		 715 aa  46.6  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.251172  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  23.42 
 
 		 737 aa  47  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  35 
 
 		 628 aa  47.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  25.18 
 
 		 702 aa  46.6  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  24.12 
 
 		 703 aa  46.6  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 720 aa  46.2  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  23.93 
 
 		 743 aa  45.8  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 767 aa  46.6  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  23.56 
 
 		 748 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  23.56 
 
 		 748 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.63 
 
 		 614 aa  46.2  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  21.76 
 
 		 701 aa  45.8  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1819  TonB-dependent siderophore receptor  25.47 
 
 		 742 aa  45.8  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258829  decreased coverage  0.00296293 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>