97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2413 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6192  putative outer membrane receptor  51.1 
 
 		 765 aa  730    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.893416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2413  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 718 aa  1445    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0232072  normal  0.0153197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  57.94 
 
 		 712 aa  761    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3038  TonB-dependent receptor  84.47 
 
 		 740 aa  1228    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5240  TonB-dependent receptor  79.13 
 
 		 723 aa  1152    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3944  TonB-dependent receptor  51.97 
 
 		 689 aa  678    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.677577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1004  TonB-dependent receptor plug  54.25 
 
 		 689 aa  719    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.142326 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5682  TonB-dependent receptor plug  56.78 
 
 		 672 aa  762    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2798  putative outer membrane receptor signal peptide protein  47.14 
 
 		 722 aa  630  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.975651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1233  TonB-dependent receptor  50.16 
 
 		 705 aa  614  9.999999999999999e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.345328  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2922  putative outer membrane receptor signal peptide protein  50.62 
 
 		 699 aa  602  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2872  TonB-dependent receptor  44.02 
 
 		 676 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3541  TonB-dependent receptor  45.64 
 
 		 692 aa  525  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0737  TonB-dependent receptor, putative  45.19 
 
 		 692 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0692  TonB-dependent receptor  44.31 
 
 		 678 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.218448  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1684  TonB-dependent receptor  42.94 
 
 		 717 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0676339  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  41.19 
 
 		 765 aa  501  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01572  TonB-dependent receptor, putative  41.2 
 
 		 686 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0345  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 		 678 aa  344  2.9999999999999997e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1720  TonB-dependent receptor plug  30.57 
 
 		 760 aa  318  2e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.864818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 736 aa  318  3e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 757 aa  317  5e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1015  tonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 750 aa  313  9e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4827  TonB-dependent receptor, plug  30.77 
 
 		 748 aa  300  4e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3901  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 734 aa  292  1e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.707047  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  26.08 
 
 		 704 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  26.08 
 
 		 704 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  25.82 
 
 		 733 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  26.16 
 
 		 692 aa  75.1  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 687 aa  71.6  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.75 
 
 		 695 aa  59.7  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  34.15 
 
 		 716 aa  58.5  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 742 aa  57.4  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.7 
 
 		 631 aa  55.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 682 aa  55.1  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 791 aa  55.1  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  32.65 
 
 		 671 aa  54.7  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  53.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 642 aa  52.4  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  34.58 
 
 		 671 aa  51.6  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1492  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 711 aa  51.2  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  27.42 
 
 		 680 aa  50.8  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.58 
 
 		 630 aa  50.8  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.58 
 
 		 630 aa  50.8  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  29.67 
 
 		 696 aa  50.8  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 791 aa  50.4  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.69 
 
 		 797 aa  50.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 		 662 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  31.54 
 
 		 617 aa  49.7  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.37 
 
 		 631 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 690 aa  48.9  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 614 aa  48.9  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3363  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 765 aa  48.5  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.2 
 
 		 623 aa  48.1  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.93 
 
 		 628 aa  48.5  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.77 
 
 		 615 aa  48.1  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 692 aa  47.8  0.0007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.98 
 
 		 743 aa  47.8  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1207  TonB-dependent receptor plug  31.34 
 
 		 239 aa  47.8  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000259901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  27.1 
 
 		 640 aa  47.8  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 655 aa  47.8  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.93 
 
 		 614 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.93 
 
 		 614 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.93 
 
 		 614 aa  47.8  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 723 aa  47  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.93 
 
 		 614 aa  47.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.93 
 
 		 616 aa  46.6  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.93 
 
 		 614 aa  47.4  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 742 aa  47.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 836 aa  47.4  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  25.95 
 
 		 634 aa  47  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  46.6  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  46.6  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 730 aa  46.2  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  26.74 
 
 		 721 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.76 
 
 		 614 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  29.53 
 
 		 628 aa  46.6  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.4 
 
 		 615 aa  45.4  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1339  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 714 aa  45.8  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.368228 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.27 
 
 		 630 aa  45.1  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 711 aa  45.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  26.74 
 
 		 706 aa  45.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0633  outer membrane receptor FepA  25.32 
 
 		 746 aa  44.7  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00550  iron-enterobactin outer membrane transporter  25.32 
 
 		 746 aa  45.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000104738  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00539  hypothetical protein  25.32 
 
 		 746 aa  45.1  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000136629  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0667  outer membrane receptor FepA  25.32 
 
 		 746 aa  44.7  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0603  outer membrane receptor FepA  25.32 
 
 		 746 aa  44.7  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3061  outer membrane receptor FepA  25.32 
 
 		 746 aa  44.7  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00912473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0485  outer membrane receptor FepA  25.32 
 
 		 746 aa  44.7  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0602  outer membrane receptor FepA  25.32 
 
 		 746 aa  44.7  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.99 
 
 		 631 aa  44.7  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  27.07 
 
 		 706 aa  44.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  28.26 
 
 		 783 aa  44.3  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 680 aa  44.3  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4395  TonB-dependent siderophore receptor  25.41 
 
 		 756 aa  43.9  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.421557 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>