More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1654 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1115 aa  2315    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  61.31 
 
 
1051 aa  525  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.09 
 
 
1148 aa  514  1e-144  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.6 
 
 
823 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.91 
 
 
925 aa  436  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.71 
 
 
962 aa  429  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.04 
 
 
845 aa  422  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  44.64 
 
 
1015 aa  416  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1202  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.71 
 
 
1126 aa  414  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.766255  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.08 
 
 
845 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1079 aa  412  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
1134 aa  413  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.4 
 
 
777 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  44.47 
 
 
1112 aa  405  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.86 
 
 
1124 aa  393  1e-108  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.02 
 
 
1102 aa  396  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.51 
 
 
1106 aa  394  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  49.88 
 
 
585 aa  393  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1132 aa  392  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1350  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.51 
 
 
699 aa  388  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.39 
 
 
994 aa  384  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.87 
 
 
1180 aa  382  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.26 
 
 
753 aa  374  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.52 
 
 
752 aa  372  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.59 
 
 
1176 aa  356  2e-96  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
817 aa  353  1e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 
819 aa  350  7e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0848  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.72 
 
 
698 aa  347  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.132769  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
849 aa  345  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  40.45 
 
 
733 aa  341  5.9999999999999996e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.23 
 
 
859 aa  337  5.999999999999999e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
853 aa  336  2e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  43.98 
 
 
594 aa  329  2.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
643 aa  326  1e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.15 
 
 
1561 aa  325  3e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
557 aa  324  6e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 
766 aa  316  9.999999999999999e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
796 aa  314  6.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.96 
 
 
650 aa  311  4e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.7 
 
 
853 aa  311  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
796 aa  310  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.37 
 
 
955 aa  309  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 
774 aa  309  2.0000000000000002e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
828 aa  309  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.81 
 
 
1113 aa  309  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.76 
 
 
955 aa  308  3e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
1021 aa  307  6e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.75 
 
 
769 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  42.14 
 
 
892 aa  304  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.01 
 
 
1034 aa  304  7.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
874 aa  303  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 
751 aa  300  1e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.98 
 
 
639 aa  299  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  42.68 
 
 
527 aa  298  3e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 
840 aa  298  4e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
551 aa  297  7e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
983 aa  296  1e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  36.33 
 
 
945 aa  296  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
853 aa  296  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 
857 aa  296  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
880 aa  295  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 
752 aa  295  4e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.8 
 
 
867 aa  295  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.126106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.93 
 
 
1108 aa  294  5e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  35.18 
 
 
844 aa  294  6e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.63 
 
 
817 aa  294  6e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.17 
 
 
831 aa  294  6e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.43 
 
 
793 aa  294  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  35.92 
 
 
749 aa  293  9e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 
847 aa  293  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
1039 aa  292  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  36.14 
 
 
945 aa  292  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.49 
 
 
803 aa  291  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.85 
 
 
867 aa  291  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.96 
 
 
773 aa  290  7e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  43.04 
 
 
654 aa  290  9e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.28 
 
 
1260 aa  290  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.43 
 
 
857 aa  290  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.75 
 
 
885 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1296  sensory box histidine kinase/response regulator  42.64 
 
 
726 aa  288  4e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00691779  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.27 
 
 
773 aa  288  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1847  histidine kinase  41.13 
 
 
785 aa  288  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 
656 aa  288  5.999999999999999e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 
966 aa  287  5.999999999999999e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.59 
 
 
736 aa  287  5.999999999999999e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.35 
 
 
1260 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.89 
 
 
926 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.91 
 
 
953 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
668 aa  286  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 
677 aa  286  2.0000000000000002e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0388  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.29 
 
 
793 aa  286  2.0000000000000002e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.42 
 
 
1054 aa  286  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.46 
 
 
1322 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  40.48 
 
 
872 aa  285  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
692 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
1509 aa  285  4.0000000000000003e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
1309 aa  285  4.0000000000000003e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  41.21 
 
 
888 aa  284  6.000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.49 
 
 
1279 aa  284  6.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  42.37 
 
 
824 aa  283  9e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>