More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0398 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0398  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 327 aa  678    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.137946  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  57.7 
 
 		 374 aa  386  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  56.7 
 
 		 335 aa  350  2e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 339 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 342 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 342 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 342 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 342 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 339 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 339 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2757  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 339 aa  270  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1695  sensory box/GGDEF family protein  46.55 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  36.5 
 
 		 333 aa  232  6e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  38.72 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 345 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 		 890 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 516 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.23 
 
 		 890 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  43.18 
 
 		 494 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 357 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.53 
 
 		 1262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 372 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 503 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 498 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 660 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 660 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 355 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 648 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 518 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 902 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  40.94 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  37.07 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 465 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  41.71 
 
 		 496 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  44.05 
 
 		 528 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 522 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 463 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 499 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 489 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 489 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 496 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 499 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 499 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  37.5 
 
 		 334 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 484 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 540 aa  132  7.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  40.35 
 
 		 327 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 620 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 517 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 496 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 556 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  37.11 
 
 		 497 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 510 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 538 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  38.1 
 
 		 583 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 521 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.12 
 
 		 506 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 521 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  30.48 
 
 		 626 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  40 
 
 		 452 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 521 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 506 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 520 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  44.58 
 
 		 488 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  37.5 
 
 		 334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  30.88 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 630 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 533 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 516 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.18 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 520 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 529 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  40 
 
 		 452 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>