More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01090 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  100 
 
 		 333 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0398  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.7 
 
 		 327 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.137946  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 374 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2582  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 339 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.929496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2649  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.437238  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1695  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2757  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1412  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.66 
 
 		 339 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2841  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0625712 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1504  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1540  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.918796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1513  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.374714  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  31.13 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 344 aa  149  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.11 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 507 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 528 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 487 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 487 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 487 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 487 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 487 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 487 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.8 
 
 		 636 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 429 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 516 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.05 
 
 		 352 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.6 
 
 		 1262 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 503 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 410 aa  135  9e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  43.45 
 
 		 1726 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 465 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  38.86 
 
 		 1637 aa  132  9e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  39.44 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  41.36 
 
 		 536 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 516 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  39.89 
 
 		 494 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 620 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  39.64 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  39.64 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 503 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.31 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  33.77 
 
 		 497 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 481 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.4 
 
 		 642 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.92 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 498 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 334 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 622 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 890 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 481 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.53 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 628 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 516 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 890 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  40.72 
 
 		 1643 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40 
 
 		 501 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 522 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 369 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 346 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.54 
 
 		 625 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 461 aa  127  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 540 aa  127  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 510 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  33.22 
 
 		 644 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 510 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  39.53 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 510 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.54 
 
 		 843 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 498 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 359 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 902 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.33 
 
 		 664 aa  126  5e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 522 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 578 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 333 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 434 aa  126  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 635 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.31 
 
 		 643 aa  126  6e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>