More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1715 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 594 aa  1198    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 594 aa  1198    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  43.26 
 
 		 632 aa  481  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  43.09 
 
 		 632 aa  478  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  42.11 
 
 		 632 aa  477  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  43.05 
 
 		 625 aa  472  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  42.67 
 
 		 618 aa  473  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  45.67 
 
 		 614 aa  474  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  43.68 
 
 		 609 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  43.67 
 
 		 623 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  43.3 
 
 		 622 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  43.26 
 
 		 640 aa  458  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  42.64 
 
 		 604 aa  451  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  42.6 
 
 		 618 aa  451  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 		 626 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  39.29 
 
 		 616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  43.72 
 
 		 621 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  43 
 
 		 636 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  42.05 
 
 		 620 aa  442  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  41.04 
 
 		 626 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  40.33 
 
 		 615 aa  435  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  41.04 
 
 		 607 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 		 616 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  40.84 
 
 		 622 aa  435  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 		 616 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  40.68 
 
 		 622 aa  432  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 		 616 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  42.62 
 
 		 626 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  41.31 
 
 		 627 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  41.95 
 
 		 633 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  41.07 
 
 		 607 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  42.16 
 
 		 618 aa  432  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  40.78 
 
 		 621 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  41.94 
 
 		 625 aa  428  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  41.84 
 
 		 616 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  39.19 
 
 		 615 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  41.61 
 
 		 616 aa  424  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  39.94 
 
 		 615 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  45.19 
 
 		 533 aa  422  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  38.7 
 
 		 615 aa  425  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  38.7 
 
 		 615 aa  425  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  41.78 
 
 		 624 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  39.94 
 
 		 615 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  39.94 
 
 		 615 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  41.77 
 
 		 616 aa  425  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  39.94 
 
 		 615 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  41.77 
 
 		 616 aa  425  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  39.94 
 
 		 615 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  41.42 
 
 		 625 aa  422  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  40.9 
 
 		 620 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  44.49 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  41.14 
 
 		 610 aa  422  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  39.74 
 
 		 616 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  41.61 
 
 		 616 aa  422  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  45.96 
 
 		 530 aa  421  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  41.37 
 
 		 617 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  41.48 
 
 		 616 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  40.29 
 
 		 621 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  41.06 
 
 		 616 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  44.02 
 
 		 532 aa  413  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  44.82 
 
 		 530 aa  414  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  39.45 
 
 		 629 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  37.54 
 
 		 614 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  40.71 
 
 		 616 aa  413  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  39.61 
 
 		 629 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  44.02 
 
 		 532 aa  412  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  39.01 
 
 		 604 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  43.2 
 
 		 533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  39.01 
 
 		 604 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  38.18 
 
 		 604 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  41.13 
 
 		 616 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  40.33 
 
 		 681 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  39.26 
 
 		 599 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  40.72 
 
 		 616 aa  405  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  43.39 
 
 		 533 aa  405  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  45.9 
 
 		 531 aa  405  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  40.13 
 
 		 616 aa  405  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  42.86 
 
 		 525 aa  404  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  39.58 
 
 		 616 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  37.34 
 
 		 618 aa  402  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  37.34 
 
 		 618 aa  400  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  40.33 
 
 		 687 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  39.01 
 
 		 625 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  38.81 
 
 		 615 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  45.51 
 
 		 524 aa  397  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  36.67 
 
 		 624 aa  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  40.07 
 
 		 621 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  43.42 
 
 		 532 aa  393  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  43.56 
 
 		 535 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  37.05 
 
 		 622 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3992  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 695 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725975  normal  0.167687 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 616 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  38.05 
 
 		 604 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>