More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0338 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0338  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
568 aa  1181    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127973  decreased coverage  0.00024777 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1663  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  40.9 
 
 
1093 aa  394  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.749752  normal  0.503363 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.35 
 
 
809 aa  343  7e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.44 
 
 
1068 aa  289  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0108  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 
827 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0331  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 
929 aa  273  6e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.590564 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1750  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 
660 aa  264  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4322  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.56 
 
 
969 aa  258  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.39845 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
799 aa  256  8e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.36 
 
 
1153 aa  254  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1748  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
550 aa  251  3e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
703 aa  250  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4928  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.73 
 
 
659 aa  250  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0222332  normal  0.944106 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.92 
 
 
1013 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  35.32 
 
 
1303 aa  242  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3514  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
494 aa  238  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7206  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  32.81 
 
 
1499 aa  238  3e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.41 
 
 
1010 aa  237  6e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4479  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 
502 aa  236  8e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1881  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.9 
 
 
435 aa  236  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.652277 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
828 aa  235  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.725659  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.41 
 
 
1514 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.83 
 
 
1514 aa  230  6e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3730  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 
978 aa  228  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.208606  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1215  sensor for regulator EvgA  49.16 
 
 
553 aa  227  4e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0300686  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3713  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
713 aa  225  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
683 aa  222  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.465717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 
828 aa  221  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.419482 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4842  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
1339 aa  220  6e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.9 
 
 
829 aa  220  7e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.254263  normal  0.520462 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2200  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.25 
 
 
678 aa  218  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.541226  hitchhiker  0.00764394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.8 
 
 
571 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0945672  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3820  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 
881 aa  218  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
1140 aa  218  2.9999999999999998e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4420  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 
922 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0348998  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01275  putative two-component sensor histidine kinase  42.11 
 
 
503 aa  217  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.590202  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1901  two-component sensor histidine kinase  38.87 
 
 
931 aa  216  7e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0313083  normal  0.0871787 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2719  histidine kinase  45.63 
 
 
490 aa  216  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.369287 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2512  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.81 
 
 
798 aa  216  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.505413  normal  0.958019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2176  histidine kinase  34.01 
 
 
520 aa  216  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.955283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3133  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 
543 aa  216  9.999999999999999e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.863254  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1178  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.87 
 
 
1172 aa  213  7.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3347  sensor histidine kinase  33.65 
 
 
1020 aa  212  1e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 
1383 aa  212  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2064  histidine kinase  35.84 
 
 
602 aa  212  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246858  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2794  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
767 aa  211  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.470571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 
628 aa  209  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1237  chemotaxis response regulator (methyltransferase)  34.29 
 
 
1618 aa  209  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3338  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.41 
 
 
526 aa  208  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00782598 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.57 
 
 
1118 aa  207  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
1370 aa  206  6e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1676  histidine kinase  31.69 
 
 
881 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0262  bacteriophytochrome-like protein  40.23 
 
 
505 aa  205  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.268371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1036  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.47 
 
 
527 aa  205  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3546  sensor protein (histidine protein kinase), acting on arcA  39.36 
 
 
586 aa  203  7e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00933538  normal  0.0548176 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3202  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 
896 aa  203  7e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.36 
 
 
674 aa  203  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.41 
 
 
506 aa  202  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.546822  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3100  histidine kinase  41.45 
 
 
573 aa  202  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  29.26 
 
 
1202 aa  201  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.06 
 
 
720 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
1669 aa  199  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0991  histidine kinase  41.64 
 
 
462 aa  197  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0394  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.47 
 
 
531 aa  197  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1067  sensor histidine kinase  33.49 
 
 
666 aa  198  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.42028 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0795  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
911 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.403179  normal  0.168088 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
1060 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
516 aa  197  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0324  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
424 aa  196  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.046409  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.28 
 
 
1415 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.3 
 
 
1248 aa  195  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.27 
 
 
762 aa  195  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 
502 aa  195  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
532 aa  193  6e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.030472 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.41 
 
 
493 aa  192  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0291  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.21 
 
 
543 aa  191  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.808463 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
1003 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
1383 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 
594 aa  192  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.574326  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.66 
 
 
775 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0668  histidine kinase  39.6 
 
 
700 aa  191  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0742794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3764  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.42 
 
 
538 aa  191  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180542  normal  0.0415669 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
817 aa  190  5e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 
951 aa  190  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3823  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 
498 aa  190  7e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.177602  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  50 
 
 
939 aa  189  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
1092 aa  188  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  29.18 
 
 
1427 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 
1002 aa  189  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4338  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.23 
 
 
430 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  decreased coverage  0.000431263 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  42.74 
 
 
498 aa  187  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2084  sensor for ctr capsule biosynthesis; sensor histidine kinase  37.5 
 
 
660 aa  187  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.36 
 
 
779 aa  187  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3355  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.85 
 
 
405 aa  187  5e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  36.36 
 
 
1086 aa  187  6e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.54 
 
 
770 aa  187  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0899  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
491 aa  187  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0517319 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.76 
 
 
827 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  43.15 
 
 
776 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4329  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
683 aa  186  1.0000000000000001e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.213628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>