More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1449 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  100 
 
 		 239 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  70.71 
 
 		 239 aa  355  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  70.29 
 
 		 239 aa  352  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  69.79 
 
 		 238 aa  346  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  61.36 
 
 		 257 aa  272  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  61.36 
 
 		 245 aa  271  5.000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  60.91 
 
 		 234 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  52.73 
 
 		 235 aa  236  3e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  55.66 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  49.29 
 
 		 229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  47.96 
 
 		 272 aa  181  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  48.82 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  48.82 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  45.54 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  47.22 
 
 		 368 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  45 
 
 		 271 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  45.29 
 
 		 259 aa  178  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  48.53 
 
 		 226 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  47.03 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  46.7 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  46.3 
 
 		 272 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  44.95 
 
 		 244 aa  168  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  44.75 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  44.75 
 
 		 256 aa  166  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  44.75 
 
 		 256 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  44.44 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  46.5 
 
 		 234 aa  161  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  44.24 
 
 		 235 aa  159  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  44.5 
 
 		 227 aa  158  9e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  47.27 
 
 		 266 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  46.36 
 
 		 266 aa  156  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  44.75 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  44.44 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  47.43 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  38.53 
 
 		 226 aa  155  7e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  46.45 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  37.16 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  41.89 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  41.28 
 
 		 221 aa  142  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  38.14 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  37.78 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  37.27 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  39.64 
 
 		 221 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  39.09 
 
 		 243 aa  135  5e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  37.04 
 
 		 223 aa  135  5e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  40.57 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  38.68 
 
 		 234 aa  132  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  38.07 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  41.48 
 
 		 249 aa  129  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  39.62 
 
 		 226 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  38.21 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  39.15 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  38.86 
 
 		 225 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2228  ribonuclease III  38.1 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  36.1 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  39.15 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  39.15 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  36.94 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  39.15 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  38.21 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  39.15 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  39.15 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  39.34 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  38.03 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  38.21 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1737  ribonuclease III  46.12 
 
 		 232 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.356912 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  34.82 
 
 		 233 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  38.21 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2317  ribonuclease III:double-stranded RNA binding  37.66 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.458623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  38.68 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  38.39 
 
 		 225 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  37.09 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  36.32 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  35.45 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  36.53 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  36.73 
 
 		 246 aa  123  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  36.07 
 
 		 225 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  39.07 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  37.38 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  37.89 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  36.92 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0231  ribonuclease III  34.55 
 
 		 263 aa  122  6e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.933376  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  39.07 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  36.53 
 
 		 227 aa  122  7e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  40.7 
 
 		 228 aa  121  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  38.84 
 
 		 246 aa  121  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1975  ribonuclease III  35.75 
 
 		 227 aa  121  9e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  35.1 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0723  ribonuclease III  36.49 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  42.06 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3203  ribonuclease III  38.68 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000725651  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  39.52 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1945  Ribonuclease III  37.61 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.210553  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  34.39 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  38.5 
 
 		 227 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10070  ribonuclease III  35.68 
 
 		 300 aa  118  7e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000284156  hitchhiker  0.000000433173 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  36.62 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  35.91 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1060  ribonuclease III  39.15 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.2378e-17 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  35.53 
 
 		 241 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>