More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2559 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  100 
 
 		 242 aa  488  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  74.29 
 
 		 229 aa  315  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  70.09 
 
 		 229 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  69.63 
 
 		 229 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  69.63 
 
 		 229 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  65.79 
 
 		 241 aa  295  4e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  66.07 
 
 		 227 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  53.24 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  44.64 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  47.25 
 
 		 244 aa  182  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  47.69 
 
 		 272 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  47.22 
 
 		 244 aa  182  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  46.54 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  46.58 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  44.59 
 
 		 228 aa  178  8e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  46.73 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  44.84 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  46.08 
 
 		 271 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  46.3 
 
 		 256 aa  175  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  46.3 
 
 		 256 aa  175  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  46.33 
 
 		 235 aa  174  9e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  44.68 
 
 		 252 aa  170  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  45.79 
 
 		 272 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  42.52 
 
 		 245 aa  168  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  40.79 
 
 		 257 aa  168  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  44.14 
 
 		 221 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  41.12 
 
 		 234 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  45.5 
 
 		 234 aa  164  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  43.2 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  39.09 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  39.35 
 
 		 226 aa  161  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  43.87 
 
 		 368 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  43.89 
 
 		 222 aa  159  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  40.1 
 
 		 235 aa  159  5e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  39.63 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  42.59 
 
 		 243 aa  158  7e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  40.91 
 
 		 222 aa  156  3e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  37.39 
 
 		 229 aa  155  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  32.02 
 
 		 233 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  40.37 
 
 		 266 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  40.65 
 
 		 238 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  40.76 
 
 		 226 aa  155  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  39.47 
 
 		 239 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  37.79 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  43.38 
 
 		 221 aa  152  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  40 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  47.12 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  39.73 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  40.28 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  40.28 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  47.12 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  41.2 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  40.19 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  41.96 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  40.09 
 
 		 226 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  41.2 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  40.48 
 
 		 239 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  38.43 
 
 		 226 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  38.89 
 
 		 226 aa  148  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  38.89 
 
 		 226 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  42.04 
 
 		 233 aa  148  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  41.1 
 
 		 226 aa  148  8e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1027  ribonuclease III  41.23 
 
 		 243 aa  148  9e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  38.43 
 
 		 226 aa  148  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  37.5 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  43.32 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  38.43 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  40 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  40.76 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  37.96 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  38.92 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  44.17 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0650  ribonuclease III  44.74 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.314508  normal  0.397443 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  42.04 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  39.91 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  38.91 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  38.43 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  38.43 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  38.43 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  41.28 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  38.46 
 
 		 225 aa  145  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2024  ribonuclease III  37.61 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1650  ribonuclease III  42.86 
 
 		 385 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  38.42 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1494  ribonuclease III  37.96 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2065  ribonuclease III  38.84 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  38.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  38.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  38.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  38.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  38.42 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  42.92 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  41.47 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  40.09 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  38.92 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  40.58 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  38.74 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  38.74 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  40.45 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>