More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1027 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1027  ribonuclease III  100 
 
 		 243 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0243  ribonuclease III  57.59 
 
 		 230 aa  246  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0530001 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  57.01 
 
 		 228 aa  238  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1708  ribonuclease III  55.36 
 
 		 229 aa  235  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0152797  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1387  ribonuclease III  53.1 
 
 		 237 aa  225  4e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.023535  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2429  ribonuclease III  49.34 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2159  ribonuclease III  49.03 
 
 		 377 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201039 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  43.6 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1650  ribonuclease III  49.74 
 
 		 385 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  44.3 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  42.2 
 
 		 245 aa  165  5.9999999999999996e-40  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1363  Ribonuclease III  40.72 
 
 		 230 aa  165  5.9999999999999996e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000482904  normal  0.16151 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  41.74 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  41.92 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0645  ribonuclease III  47 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0482466  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  41.92 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2208  Ribonuclease III  48.72 
 
 		 383 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.904351  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  41.92 
 
 		 225 aa  163  3e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  44.44 
 
 		 228 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2296  Ribonuclease III  48.72 
 
 		 383 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.302366  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  41.23 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  45.05 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2317  ribonuclease III:double-stranded RNA binding  44.5 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.458623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  46.41 
 
 		 282 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2065  ribonuclease III  39.82 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  43.98 
 
 		 240 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1272  ribonuclease III  42.67 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.812547  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  47.03 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  44.88 
 
 		 240 aa  155  8e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  44.7 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  42.86 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1502  ribonuclease III  41.36 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00547993  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  39.37 
 
 		 221 aa  153  2.9999999999999998e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  40.27 
 
 		 235 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1183  ribonuclease III  40.81 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192839  normal  0.0311814 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1690  ribonuclease III  39.11 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00872848  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  40 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  40.91 
 
 		 246 aa  152  5e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3854  ribonuclease III  42.92 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  39.11 
 
 		 241 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  39.01 
 
 		 236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  35.84 
 
 		 233 aa  151  8.999999999999999e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1025  ribonuclease III  42.99 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00427221  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1403  RNase III  40.36 
 
 		 232 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000749592  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  41.82 
 
 		 223 aa  151  1e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  40.72 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1714  ribonuclease III  40 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1975  ribonuclease III  40.89 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0723  ribonuclease III  40.99 
 
 		 236 aa  149  4e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0908  ribonuclease III  41.63 
 
 		 248 aa  149  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000640181  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2990  ribonuclease III  41.48 
 
 		 250 aa  148  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2813  ribonuclease III  38.99 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  0.303497 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3303  Ribonuclease III  38.99 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  38.53 
 
 		 229 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  36.41 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  43.84 
 
 		 222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_897  ribonuclease III  41.63 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000334707  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1494  ribonuclease III  37.61 
 
 		 222 aa  146  3e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1081  ribonuclease III  40.25 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2024  ribonuclease III  39.04 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  38.57 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  40.98 
 
 		 243 aa  145  5e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  40.09 
 
 		 242 aa  145  6e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  39.91 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  39.91 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  40.79 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  40.27 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  40.61 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1641  ribonuclease III  39.57 
 
 		 240 aa  143  3e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  41.26 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  40.35 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  42.36 
 
 		 249 aa  142  5e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  41.07 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  41.07 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1945  Ribonuclease III  40.38 
 
 		 228 aa  142  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.210553  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  42.73 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  39.29 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1609  ribonuclease III  41.78 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.425776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  41.04 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  39.39 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1347  ribonuclease III  45.6 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.461222  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1083  ribonuclease III  42.29 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.599235  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2273  ribonuclease III  43.66 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  38.84 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  41.35 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  42.66 
 
 		 226 aa  139  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1974  ribonuclease III  42.92 
 
 		 246 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  39.91 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  41.44 
 
 		 229 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3281  ribonuclease III  41.55 
 
 		 276 aa  138  8.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2072  ribonuclease III  44.75 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.497475  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  39.38 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  40 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2228  ribonuclease III  42.54 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  41.63 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  40.64 
 
 		 266 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  42.56 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  39.32 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1947  ribonuclease III  38.5 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  42.21 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>