More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0200 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  100 
 
 		 229 aa  457  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  72.49 
 
 		 229 aa  316  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  72.49 
 
 		 229 aa  316  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  74.29 
 
 		 242 aa  315  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  72.49 
 
 		 229 aa  315  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  67.86 
 
 		 227 aa  304  9.000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  65.93 
 
 		 241 aa  299  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  55.02 
 
 		 226 aa  198  5e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  53.24 
 
 		 244 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  49.77 
 
 		 235 aa  195  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  50.22 
 
 		 235 aa  192  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  51.39 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  47.81 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  49.3 
 
 		 272 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  49.07 
 
 		 271 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  48.62 
 
 		 271 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  46.79 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  46.79 
 
 		 257 aa  182  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  48.37 
 
 		 259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  51.64 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  51.17 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  51.17 
 
 		 256 aa  181  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  46.7 
 
 		 368 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  48.13 
 
 		 272 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  45.66 
 
 		 221 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  47.66 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  44.76 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  43.48 
 
 		 235 aa  171  7.999999999999999e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  45.45 
 
 		 236 aa  170  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  44.64 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  44.65 
 
 		 234 aa  168  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  45.91 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  48.18 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  41.56 
 
 		 266 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  44.59 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  39.91 
 
 		 224 aa  162  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  39.91 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  47.39 
 
 		 239 aa  161  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  46.08 
 
 		 266 aa  161  7e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  43.61 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  46.01 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  44.5 
 
 		 238 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  42.86 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  43.83 
 
 		 249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  39.17 
 
 		 228 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  38.18 
 
 		 233 aa  154  9e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  38.18 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  45.54 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  37.34 
 
 		 236 aa  153  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  37.39 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  42.33 
 
 		 243 aa  153  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  41.67 
 
 		 227 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  45.71 
 
 		 239 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  44.65 
 
 		 222 aa  152  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  45.71 
 
 		 239 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  40.28 
 
 		 232 aa  151  5.9999999999999996e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  41.67 
 
 		 227 aa  151  5.9999999999999996e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  39.72 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  40.45 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  37.95 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  40 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  36.2 
 
 		 226 aa  149  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1737  ribonuclease III  54.1 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.356912 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  41.47 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  39.91 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  39.47 
 
 		 242 aa  148  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  37.95 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  42.86 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  43.27 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  38.33 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  38.39 
 
 		 226 aa  145  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1027  ribonuclease III  42.13 
 
 		 243 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  145  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  35.34 
 
 		 233 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2975  ribonuclease III  45 
 
 		 226 aa  144  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00170504  hitchhiker  0.00754361 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  37.44 
 
 		 225 aa  144  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  36.56 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  39.46 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  38.84 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  44.95 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  37.95 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  37.95 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  37.95 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  36.12 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  41.48 
 
 		 227 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  42.59 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  42.33 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  38.67 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  40.09 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  36.61 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  36.61 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2159  ribonuclease III  45.73 
 
 		 377 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201039 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  37.56 
 
 		 227 aa  142  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  33.63 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  38.65 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  41.28 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4749  ribonuclease III  42.15 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190764  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  37.44 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  36.16 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  41.67 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>