More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7363 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  100 
 
 		 244 aa  478  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  85.71 
 
 		 244 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  66.95 
 
 		 259 aa  298  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  65.09 
 
 		 256 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  65.09 
 
 		 256 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  63.09 
 
 		 256 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  53.88 
 
 		 235 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  50.63 
 
 		 271 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  52.73 
 
 		 271 aa  221  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  53.15 
 
 		 235 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  51.6 
 
 		 272 aa  214  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  52.53 
 
 		 272 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  52.53 
 
 		 368 aa  208  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  48.68 
 
 		 236 aa  201  8e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  47.96 
 
 		 228 aa  198  6e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  47.79 
 
 		 245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  47.79 
 
 		 257 aa  195  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  47.44 
 
 		 266 aa  195  7e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  47.44 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  49.77 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  50.24 
 
 		 229 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  50.24 
 
 		 229 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  50.23 
 
 		 221 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  49.52 
 
 		 229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  45.13 
 
 		 234 aa  185  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  50.73 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  46.79 
 
 		 241 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  46.19 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  46.19 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  43.52 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  46.34 
 
 		 242 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  44.87 
 
 		 238 aa  171  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  44.75 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  41.89 
 
 		 235 aa  166  4e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  44.24 
 
 		 238 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  42.66 
 
 		 226 aa  164  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  42.33 
 
 		 222 aa  161  1e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  43.93 
 
 		 222 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  41.47 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  42.86 
 
 		 256 aa  154  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  41.94 
 
 		 225 aa  155  8e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  43.72 
 
 		 229 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  41.26 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  41.26 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  41.26 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  41.26 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  41.26 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  42.4 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  43 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  43.13 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  41.59 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  42.4 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  41.59 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  43.46 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  41.78 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  40.83 
 
 		 227 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  41.59 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  41.59 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  40.29 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  41.26 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  42.25 
 
 		 234 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  40.83 
 
 		 266 aa  152  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  43.32 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  41.12 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  41.4 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  43.81 
 
 		 228 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  40.29 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  41.12 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  43.81 
 
 		 228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  40.78 
 
 		 226 aa  151  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  40.29 
 
 		 226 aa  151  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  41.12 
 
 		 226 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  46.05 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  38.99 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  44.6 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  45.81 
 
 		 441 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  42.45 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  40.09 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  40.65 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  36.41 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  41.36 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0512  Ribonuclease III  36.57 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  41.78 
 
 		 228 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  44.34 
 
 		 229 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1204  ribonuclease III  40.78 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.401784  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  38.5 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  42.13 
 
 		 226 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  42.13 
 
 		 226 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  42.23 
 
 		 256 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  40.19 
 
 		 226 aa  148  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  40.27 
 
 		 233 aa  148  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  44.83 
 
 		 428 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>