More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2251 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  100 
 
 		 266 aa  534  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  92.86 
 
 		 266 aa  458  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  76.4 
 
 		 271 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  81.17 
 
 		 271 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  75.66 
 
 		 272 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  81.43 
 
 		 272 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  84.33 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  57.85 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  53.36 
 
 		 235 aa  235  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  52.04 
 
 		 235 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  49.03 
 
 		 259 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  50.22 
 
 		 244 aa  210  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  50.22 
 
 		 256 aa  209  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  50.22 
 
 		 256 aa  208  6e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  49.33 
 
 		 256 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  48.26 
 
 		 244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  45.74 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  44.54 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  43.67 
 
 		 257 aa  189  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  45.92 
 
 		 239 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  45.58 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  47.27 
 
 		 221 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  45.92 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  47.73 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  46.43 
 
 		 226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  45.18 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  44.14 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  43.83 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  47.27 
 
 		 239 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  48.83 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  48.83 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  47.83 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  48.34 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  43.04 
 
 		 241 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  41.81 
 
 		 238 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  38.05 
 
 		 232 aa  159  3e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  42.08 
 
 		 249 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  38.57 
 
 		 226 aa  160  3e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  45.85 
 
 		 242 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  36.65 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  42.86 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  41.3 
 
 		 233 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  38.16 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  39.64 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  43.95 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  42.99 
 
 		 228 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  39.82 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  39.45 
 
 		 256 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  39.45 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  41.71 
 
 		 233 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  39.91 
 
 		 263 aa  145  6e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  42.08 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  40.62 
 
 		 230 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  39.17 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  37.67 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  39.45 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  39.45 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  41.1 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  40.74 
 
 		 225 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  40.43 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  40.44 
 
 		 227 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  43.89 
 
 		 228 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  43.3 
 
 		 226 aa  142  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  39.53 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  43.56 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  35.91 
 
 		 222 aa  140  3e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  41.67 
 
 		 228 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  35.48 
 
 		 246 aa  140  3e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  36.49 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  37.78 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  39.72 
 
 		 226 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  138  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  38.6 
 
 		 226 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  40.37 
 
 		 228 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0374  ribonuclease III  35.74 
 
 		 259 aa  138  7.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.7646  hitchhiker  0.000724257 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  36.49 
 
 		 233 aa  138  7.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  42.51 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  35.71 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  39.45 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  38.79 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  39.37 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  38.12 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  38.79 
 
 		 225 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  39.45 
 
 		 227 aa  136  5e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  36.77 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1272  ribonuclease III  38.01 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.812547  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  38.12 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  38.5 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0723  ribonuclease III  37.5 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  39.81 
 
 		 222 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  36.79 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  36.79 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>