More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2612 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  100 
 
 		 271 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  90.04 
 
 		 271 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  81.25 
 
 		 272 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  83.03 
 
 		 272 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  85.2 
 
 		 368 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  76.4 
 
 		 266 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  76.4 
 
 		 266 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  54.3 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  56.56 
 
 		 236 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  53.98 
 
 		 235 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  50.2 
 
 		 259 aa  226  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  51.82 
 
 		 256 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  51.82 
 
 		 256 aa  218  6e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  52.04 
 
 		 244 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  50.91 
 
 		 256 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  52.73 
 
 		 244 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  49.32 
 
 		 227 aa  196  5.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  46.12 
 
 		 228 aa  195  8.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  46.58 
 
 		 239 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  46.82 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  46.36 
 
 		 235 aa  192  4e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  46.58 
 
 		 239 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  46.43 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  46.43 
 
 		 257 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  46.15 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  47.25 
 
 		 221 aa  184  9e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  48.8 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  48.8 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  49.76 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  43.53 
 
 		 238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  44.98 
 
 		 234 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  45 
 
 		 239 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  48.78 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  42.06 
 
 		 234 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  43.78 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  46.6 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  39.55 
 
 		 226 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  41.63 
 
 		 249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  37.99 
 
 		 232 aa  163  3e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  37.61 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  41.71 
 
 		 233 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  40.18 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  40.83 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  40.18 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  42.86 
 
 		 221 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  42.79 
 
 		 226 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  42.79 
 
 		 226 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  41.96 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  41.28 
 
 		 225 aa  153  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  39.91 
 
 		 263 aa  152  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  40.87 
 
 		 233 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  43.2 
 
 		 252 aa  152  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  40.83 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  39.73 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  40 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  41.63 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  41.98 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  40.54 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  42.79 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  39.55 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  40.65 
 
 		 226 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  38.25 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  44.33 
 
 		 226 aa  145  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  39.61 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  39.61 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  39.61 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  39.61 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  39.61 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  41.82 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  37.68 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  40 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  39.13 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  43.18 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  37.39 
 
 		 243 aa  143  3e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  36.74 
 
 		 222 aa  142  4e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  41.71 
 
 		 228 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  38.65 
 
 		 226 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  37.73 
 
 		 223 aa  142  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  38.12 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  42.59 
 
 		 228 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  39.13 
 
 		 263 aa  141  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  38.12 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  37.5 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  38.46 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  40.55 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  36.57 
 
 		 245 aa  140  3e-32  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  37.9 
 
 		 226 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  42.92 
 
 		 243 aa  140  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  39.25 
 
 		 226 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  37.5 
 
 		 233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>