More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2441 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  100 
 
 		 235 aa  478  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  69.7 
 
 		 235 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  56.17 
 
 		 236 aa  251  7e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  54.84 
 
 		 368 aa  245  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  54.3 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  52.61 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  53.42 
 
 		 272 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  54.13 
 
 		 272 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  53.85 
 
 		 259 aa  219  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  55.31 
 
 		 244 aa  218  7e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  53.88 
 
 		 244 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  52.94 
 
 		 266 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  52.04 
 
 		 266 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  51.98 
 
 		 256 aa  210  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  51.98 
 
 		 256 aa  209  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  51.33 
 
 		 256 aa  208  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  48.6 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  48.6 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  47.73 
 
 		 221 aa  189  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  48.13 
 
 		 229 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  49.52 
 
 		 229 aa  185  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  44 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  44 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  45.81 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  44.95 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  46.79 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  41.7 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  45.54 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  43.95 
 
 		 235 aa  178  5.999999999999999e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  44.95 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  45.18 
 
 		 239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  45.18 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  44.44 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  44.29 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  44.09 
 
 		 238 aa  162  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  39.65 
 
 		 226 aa  161  6e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  42.65 
 
 		 234 aa  160  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  38.89 
 
 		 232 aa  156  3e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  38.36 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  42.2 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  44.55 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  38.18 
 
 		 233 aa  145  7.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  38.18 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  37.44 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  39.29 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  39.29 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  35.62 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  40.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  38.01 
 
 		 225 aa  142  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  37.27 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  37.61 
 
 		 243 aa  142  5e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  37.56 
 
 		 225 aa  141  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  38.01 
 
 		 225 aa  141  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  41.04 
 
 		 222 aa  141  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  40 
 
 		 228 aa  141  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  39.91 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  39.91 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  40.77 
 
 		 266 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  38.18 
 
 		 227 aa  138  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  37.9 
 
 		 233 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  41.63 
 
 		 222 aa  138  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  40.76 
 
 		 227 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1708  ribonuclease III  38.46 
 
 		 229 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0152797  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  39.91 
 
 		 222 aa  138  8.999999999999999e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  37.17 
 
 		 246 aa  136  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  39.53 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  39.17 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  39.37 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1945  Ribonuclease III  38.83 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.210553  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  39.09 
 
 		 228 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  41.05 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  41.05 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  38.6 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  38.18 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  43.01 
 
 		 226 aa  134  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  39.51 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  38.5 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  39.81 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  37.55 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  37.5 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  38.32 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  36.61 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  37.55 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  37.12 
 
 		 225 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  39.02 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  38.97 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  40.1 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  40.1 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  35.05 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  38.79 
 
 		 233 aa  132  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  36.41 
 
 		 263 aa  132  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  38.86 
 
 		 223 aa  132  5e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  38.18 
 
 		 256 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  38.46 
 
 		 256 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  37.1 
 
 		 242 aa  132  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  37.56 
 
 		 225 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  40.64 
 
 		 243 aa  131  9e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  36.94 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  37.2 
 
 		 236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  39.45 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>