More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0419 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  100 
 
 		 241 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  71.63 
 
 		 229 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  70.7 
 
 		 229 aa  305  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  70.7 
 
 		 229 aa  305  3e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  66.35 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  66.98 
 
 		 242 aa  281  5.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  62.22 
 
 		 227 aa  276  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  48.23 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  48.87 
 
 		 226 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  45.54 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  47.91 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  45.49 
 
 		 257 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  48.13 
 
 		 234 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  45.16 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  46.7 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  46.4 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  45.58 
 
 		 272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  44.55 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  43.75 
 
 		 235 aa  172  5.999999999999999e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  46.33 
 
 		 244 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  44.39 
 
 		 221 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  43.78 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  44.55 
 
 		 238 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  42.86 
 
 		 271 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  45.02 
 
 		 239 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  44.35 
 
 		 224 aa  169  5e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  44.35 
 
 		 224 aa  169  5e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  45.91 
 
 		 256 aa  168  8e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  46.08 
 
 		 244 aa  168  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  43.89 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  45.66 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  42.79 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  45.66 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  43.65 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  43.26 
 
 		 225 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  39.53 
 
 		 228 aa  161  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  43.06 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  42.72 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  46.51 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  40.09 
 
 		 229 aa  158  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  41.2 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  41.2 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  40.74 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  37.67 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  43.32 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  41.84 
 
 		 234 aa  156  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  40 
 
 		 266 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  40.74 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  36.94 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  44.88 
 
 		 252 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  40.72 
 
 		 243 aa  155  8e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  40.17 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  40.28 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  41.2 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  39.19 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  40.74 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  43.06 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  40.54 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  42.66 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  39.19 
 
 		 233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  38.96 
 
 		 233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  38.36 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  40.74 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  40.74 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  40.74 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  44.39 
 
 		 233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  42.15 
 
 		 234 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1027  ribonuclease III  40.72 
 
 		 243 aa  150  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  44.32 
 
 		 226 aa  151  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  41.59 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  42.18 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  39.37 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  41.63 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  45.67 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  41.59 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  42.25 
 
 		 222 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  40.72 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  44.65 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  37.84 
 
 		 232 aa  149  5e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  36.53 
 
 		 231 aa  148  6e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  43.92 
 
 		 256 aa  148  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  41.2 
 
 		 225 aa  149  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2024  ribonuclease III  38.29 
 
 		 226 aa  148  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1494  ribonuclease III  35.59 
 
 		 222 aa  148  9e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  41.7 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13780  ribonuclease III  43.78 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  40.54 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  42.53 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  37.12 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  44.65 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  40 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  39.29 
 
 		 256 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2065  ribonuclease III  38.67 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  41.36 
 
 		 240 aa  144  9e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  36.92 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  39.29 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  40.28 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  38 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  40.47 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  43.46 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>