More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0209 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  61.5 
 
 		 252 aa  249  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  48.79 
 
 		 226 aa  197  7.999999999999999e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  45.83 
 
 		 272 aa  181  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  44.44 
 
 		 226 aa  175  6e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  44.89 
 
 		 245 aa  174  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  44.89 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  45.41 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  43.32 
 
 		 271 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  42.06 
 
 		 271 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  44.86 
 
 		 234 aa  171  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  41.63 
 
 		 235 aa  166  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  43.13 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  43.19 
 
 		 272 aa  164  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  36.52 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  43.93 
 
 		 227 aa  163  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  42.72 
 
 		 368 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  46.5 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  42.65 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  46.05 
 
 		 221 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  43.46 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  44.76 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  42.66 
 
 		 239 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  41.85 
 
 		 238 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  44.08 
 
 		 266 aa  158  8e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  43.33 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  44.29 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  42.66 
 
 		 239 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  41.84 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  43.4 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  43.28 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  42.92 
 
 		 256 aa  149  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  43.15 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  42.92 
 
 		 256 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  37.56 
 
 		 222 aa  148  6e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  42.25 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  44.51 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  42.11 
 
 		 244 aa  145  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  39.71 
 
 		 236 aa  144  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  35.94 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  42.31 
 
 		 229 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  35.48 
 
 		 226 aa  141  9e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  42.72 
 
 		 246 aa  139  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  37.22 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  40.61 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  40.61 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  38.71 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2661  ribonuclease III  41.4 
 
 		 260 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  37.26 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  37.26 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  35.55 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1272  ribonuclease III  38.16 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.812547  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  35.55 
 
 		 224 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2495  ribonuclease III  36.15 
 
 		 273 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  34.1 
 
 		 233 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  36.41 
 
 		 227 aa  131  6.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  37.79 
 
 		 222 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  41.58 
 
 		 240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  38.5 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1947  ribonuclease III  42.62 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  36.7 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0177  Ribonuclease III  35.84 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0218765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  36.74 
 
 		 226 aa  128  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  36.51 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0723  ribonuclease III  36.16 
 
 		 236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  35.07 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0212  ribonuclease III  41.95 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  38.68 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  33.48 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  37.05 
 
 		 235 aa  125  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3433  ribonuclease III  42.79 
 
 		 268 aa  125  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.699086  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  33.95 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1666  ribonuclease III  41.33 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.0114969 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  35.98 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  35.98 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1708  ribonuclease III  38.46 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0152797  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  34.3 
 
 		 228 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1659  ribonuclease III  35.27 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1027  ribonuclease III  37.84 
 
 		 243 aa  122  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0172  Ribonuclease III  32.22 
 
 		 277 aa  122  5e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.885332 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  37.32 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  34.84 
 
 		 247 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  35.81 
 
 		 226 aa  121  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  35.65 
 
 		 230 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0164  Ribonuclease III  34.22 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.233205  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  34.26 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11290  RNAse III  40.61 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  34.43 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0194  Ribonuclease III  33.04 
 
 		 273 aa  120  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  34.53 
 
 		 242 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  34.26 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  37.57 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  36 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  33.49 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  36.45 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1139  ribonuclease III  42.08 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.323858  normal  0.0251289 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3303  Ribonuclease III  34.07 
 
 		 225 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2813  ribonuclease III  34.07 
 
 		 225 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  0.303497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  36.55 
 
 		 233 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3601  ribonuclease III  42.7 
 
 		 270 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>