More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11290 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11290  RNAse III  100 
 
 
234 aa  463  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2273  ribonuclease III  77.63 
 
 
239 aa  329  3e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1666  ribonuclease III  68.4 
 
 
241 aa  318  6e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.0114969 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2293  ribonuclease III  71.75 
 
 
240 aa  307  6.999999999999999e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.051216  hitchhiker  0.000715248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1609  ribonuclease III  67.91 
 
 
252 aa  280  9e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.425776  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  57.02 
 
 
240 aa  252  3e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  61.5 
 
 
249 aa  248  4e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0212  ribonuclease III  57.96 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3433  ribonuclease III  58.7 
 
 
268 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.699086  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  57.8 
 
 
246 aa  241  5e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1139  ribonuclease III  61.68 
 
 
306 aa  237  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.323858  normal  0.0251289 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12940  ribonuclease III  60.89 
 
 
240 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1177  ribonuclease III  58.11 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.312769  hitchhiker  0.0000455541 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4192  ribonuclease III  57.73 
 
 
234 aa  231  5e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1287  ribonuclease III  58.11 
 
 
252 aa  232  5e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.134604  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3601  ribonuclease III  62.07 
 
 
270 aa  229  2e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1567  ribonuclease III  58.33 
 
 
249 aa  228  5e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0292107  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1041  ribonuclease III  52.14 
 
 
242 aa  227  2e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.834225  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2239  Ribonuclease III  54.67 
 
 
242 aa  226  2e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000641726 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2501  ribonuclease III  55.98 
 
 
240 aa  226  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3281  ribonuclease III  59.71 
 
 
276 aa  226  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2171  ribonuclease III  58.11 
 
 
235 aa  226  3e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2122  ribonuclease III  53.57 
 
 
243 aa  224  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0434013 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2072  ribonuclease III  54.26 
 
 
262 aa  221  9e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.497475  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2780  ribonuclease III  57.8 
 
 
267 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.16188  normal  0.181798 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1949  ribonuclease III  57.43 
 
 
234 aa  218  7e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1929  ribonuclease III  57.43 
 
 
234 aa  218  7e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1995  ribonuclease III  57.43 
 
 
234 aa  218  7e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0814275  normal  0.249883 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8017  ribonuclease III  52.88 
 
 
276 aa  216  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0336  ribonuclease III  51.93 
 
 
242 aa  214  9.999999999999999e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10860  RNAse III  53.66 
 
 
228 aa  209  2e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0129939  normal  0.199787 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09490  RNAse III  55.81 
 
 
250 aa  209  3e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.805869  normal  0.162457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7995  Ribonuclease III  59.46 
 
 
243 aa  206  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.509721  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1376  Ribonuclease III  54.92 
 
 
224 aa  205  5e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.028132  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5964  ribonuclease III  55.36 
 
 
267 aa  204  8e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4029  ribonuclease III  55.79 
 
 
270 aa  203  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08900  RNAse III  49.29 
 
 
220 aa  190  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.493633  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0645  ribonuclease III  47.85 
 
 
235 aa  181  9.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0482466  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1363  Ribonuclease III  42.79 
 
 
230 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000482904  normal  0.16151 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  44.93 
 
 
236 aa  180  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  45.02 
 
 
246 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18360  RNAse III  50.49 
 
 
250 aa  174  8e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  43.6 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  44.55 
 
 
233 aa  169  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  43.3 
 
 
235 aa  166  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  41.55 
 
 
236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  41.52 
 
 
231 aa  165  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3813  Ribonuclease III  45.41 
 
 
262 aa  164  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000119761  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1183  ribonuclease III  42.67 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192839  normal  0.0311814 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  45.97 
 
 
235 aa  162  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  45.18 
 
 
234 aa  162  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1403  RNase III  42.16 
 
 
232 aa  161  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000749592  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1714  ribonuclease III  38.81 
 
 
240 aa  159  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  36.52 
 
 
245 aa  159  3e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0799  ribonuclease III  38.94 
 
 
245 aa  159  4e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.807465  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1317  ribonuclease III  40.91 
 
 
243 aa  158  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1292  ribonuclease III  40.91 
 
 
243 aa  158  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  40.28 
 
 
241 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1690  ribonuclease III  39.81 
 
 
241 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00872848  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1347  ribonuclease III  44.16 
 
 
241 aa  154  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.461222  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  43.33 
 
 
236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1947  ribonuclease III  41.75 
 
 
253 aa  151  8.999999999999999e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2429  ribonuclease III  44.29 
 
 
242 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  42.35 
 
 
246 aa  149  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2159  ribonuclease III  41.85 
 
 
377 aa  148  6e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.201039 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2208  Ribonuclease III  42.4 
 
 
383 aa  148  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.904351  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  41.71 
 
 
242 aa  148  8e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2661  ribonuclease III  46.38 
 
 
260 aa  148  9e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1641  ribonuclease III  38.36 
 
 
240 aa  147  9e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1083  ribonuclease III  39.37 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.599235  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1650  ribonuclease III  42.4 
 
 
385 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  43.84 
 
 
229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  35.75 
 
 
233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  40.49 
 
 
221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  45.05 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2296  Ribonuclease III  42.4 
 
 
383 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.302366  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  43.35 
 
 
229 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  43.64 
 
 
282 aa  146  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  40.43 
 
 
243 aa  146  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  41.71 
 
 
240 aa  145  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  42.67 
 
 
225 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  40.87 
 
 
225 aa  145  7.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  40.87 
 
 
225 aa  144  9e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  44.06 
 
 
229 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1502  ribonuclease III  40.71 
 
 
231 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00547993  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0946  Ribonuclease III  39.81 
 
 
238 aa  143  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.652577  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  41.63 
 
 
246 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  42.36 
 
 
229 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  40.38 
 
 
224 aa  143  3e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0194  Ribonuclease III  40.8 
 
 
273 aa  142  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2317  ribonuclease III:double-stranded RNA binding  41.82 
 
 
246 aa  143  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.458623  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_897  ribonuclease III  36.94 
 
 
248 aa  142  4e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000334707  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1081  ribonuclease III  38.81 
 
 
239 aa  142  4e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  38.79 
 
 
223 aa  142  4e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3672  ribonuclease III  39.02 
 
 
245 aa  142  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.405617  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0951  ribonuclease III  44.27 
 
 
233 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.608841  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  41.03 
 
 
223 aa  142  6e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0164  Ribonuclease III  37.68 
 
 
273 aa  141  8e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.233205  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  41.12 
 
 
226 aa  141  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2813  ribonuclease III  39.62 
 
 
225 aa  141  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  0.303497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>