More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0598 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  100 
 
 		 228 aa  456  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0650  ribonuclease III  67.82 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.314508  normal  0.397443 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  60.56 
 
 		 228 aa  250  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  56.82 
 
 		 227 aa  245  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  59.09 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  56.25 
 
 		 233 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  56.16 
 
 		 233 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  59.56 
 
 		 228 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  59.51 
 
 		 228 aa  236  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  51.89 
 
 		 222 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  54.21 
 
 		 230 aa  230  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  57.27 
 
 		 228 aa  228  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  52.07 
 
 		 256 aa  228  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  51.61 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  55.14 
 
 		 222 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  50.69 
 
 		 256 aa  223  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  53.37 
 
 		 226 aa  218  5e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  53.4 
 
 		 256 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  52.91 
 
 		 256 aa  213  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  47.89 
 
 		 263 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  50.88 
 
 		 247 aa  208  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  50.25 
 
 		 406 aa  205  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4246  ribonuclease III  50.25 
 
 		 408 aa  205  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  50.75 
 
 		 467 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1730  ribonuclease III  50.75 
 
 		 469 aa  204  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58141  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  51.15 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  51.15 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  49.25 
 
 		 428 aa  202  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1010  ribonuclease III  49.75 
 
 		 425 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316011  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1092  ribonuclease III  49.75 
 
 		 409 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1014  ribonuclease III  49.75 
 
 		 425 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0654  ribonuclease III  49.75 
 
 		 409 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.988138  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1134  ribonuclease III  49.75 
 
 		 409 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2899  ribonuclease III  48.76 
 
 		 418 aa  201  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.560315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  48.26 
 
 		 441 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  51.14 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  51.14 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  46.27 
 
 		 263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  45.05 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  45.58 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  44.34 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  44.64 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  46.82 
 
 		 243 aa  189  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  43.89 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  48.58 
 
 		 226 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  43.64 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  45.05 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  46.08 
 
 		 227 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  44.2 
 
 		 228 aa  181  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  45.07 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  44.6 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  45.54 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  45.87 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  46.01 
 
 		 226 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  41.89 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  45.62 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  45.07 
 
 		 226 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  45.07 
 
 		 226 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  42.92 
 
 		 227 aa  178  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  46.92 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  45.07 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  45.07 
 
 		 226 aa  177  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4749  ribonuclease III  44.55 
 
 		 229 aa  177  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190764  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  46.48 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  42.99 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  45.97 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  45.97 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  45.97 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  45.41 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  45.07 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  46.41 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  44.04 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  42.2 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  43.9 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  42.2 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  46.51 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54330  ribonuclease III  44.23 
 
 		 229 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  44.69 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2975  ribonuclease III  47.66 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00170504  hitchhiker  0.00754361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  44.08 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  45.19 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  44.08 
 
 		 229 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  45.83 
 
 		 230 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  41.82 
 
 		 266 aa  171  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  42.15 
 
 		 245 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  42.15 
 
 		 245 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  42.15 
 
 		 245 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  42.15 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>