More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1743 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  100 
 
 		 228 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  82.73 
 
 		 233 aa  354  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  75.78 
 
 		 233 aa  339  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  76.65 
 
 		 228 aa  333  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  74.06 
 
 		 228 aa  316  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  66.82 
 
 		 227 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  69.82 
 
 		 228 aa  287  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  69.82 
 
 		 228 aa  286  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  61.64 
 
 		 247 aa  267  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  57.27 
 
 		 228 aa  246  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  60.85 
 
 		 256 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  59.91 
 
 		 256 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  58.99 
 
 		 256 aa  240  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  60 
 
 		 256 aa  234  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1730  ribonuclease III  59.5 
 
 		 469 aa  234  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58141  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1014  ribonuclease III  60.41 
 
 		 425 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1010  ribonuclease III  60.41 
 
 		 425 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316011  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  59.5 
 
 		 406 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4246  ribonuclease III  59.5 
 
 		 408 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  59 
 
 		 467 aa  232  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  56.62 
 
 		 263 aa  232  3e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  59.31 
 
 		 256 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1092  ribonuclease III  59.39 
 
 		 409 aa  230  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0654  ribonuclease III  59.39 
 
 		 409 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.988138  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1134  ribonuclease III  59.39 
 
 		 409 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2899  ribonuclease III  59 
 
 		 418 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.560315 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  58 
 
 		 441 aa  228  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  59 
 
 		 428 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0650  ribonuclease III  58.99 
 
 		 248 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.314508  normal  0.397443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  54.59 
 
 		 222 aa  222  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  55.16 
 
 		 230 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  55.72 
 
 		 263 aa  218  7e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  56.44 
 
 		 248 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  56.44 
 
 		 248 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  53.74 
 
 		 222 aa  217  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  56.73 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  53.99 
 
 		 226 aa  205  5e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  48.02 
 
 		 225 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  48.36 
 
 		 228 aa  197  9e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  50 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  47.14 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  52.66 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  46.49 
 
 		 266 aa  191  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  50.47 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  47.77 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  50.47 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  50.47 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  50 
 
 		 226 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  50 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  46.33 
 
 		 229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  50.47 
 
 		 226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  50 
 
 		 226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  47.03 
 
 		 226 aa  189  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  50 
 
 		 226 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  46.61 
 
 		 227 aa  188  5.999999999999999e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  47.64 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  49.53 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  48.2 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  50 
 
 		 226 aa  186  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4374  ribonuclease III  49.78 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1433  ribonuclease III  48.88 
 
 		 229 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00353608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  48.15 
 
 		 225 aa  184  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4288  ribonuclease III  48.88 
 
 		 229 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  49.53 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  47.75 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  47.64 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  48.66 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  47.95 
 
 		 228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  44.91 
 
 		 227 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  50 
 
 		 229 aa  181  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  49.53 
 
 		 229 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  46.43 
 
 		 223 aa  181  9.000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  50 
 
 		 229 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  48.15 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  49.53 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1073  ribonuclease III  47.93 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  46.64 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  43.38 
 
 		 233 aa  179  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  44.24 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13780  ribonuclease III  49.77 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  46.54 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  50.49 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  47.69 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  47.06 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  47.06 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  47.06 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>