More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_1110 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  100 
 
 
226 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  97.35 
 
 
245 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  97.35 
 
 
226 aa  434  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  97.35 
 
 
245 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  97.35 
 
 
245 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  97.35 
 
 
245 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  97.35 
 
 
245 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  93.36 
 
 
226 aa  420  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  93.81 
 
 
226 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1204  ribonuclease III  92.48 
 
 
226 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.401784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  92.92 
 
 
226 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3669  ribonuclease III  92.92 
 
 
226 aa  400  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1136  ribonuclease III  91.59 
 
 
226 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0329439  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1189  ribonuclease III  91.59 
 
 
226 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.17286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3611  ribonuclease III  91.59 
 
 
226 aa  396  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228874  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  69.96 
 
 
225 aa  335  2.9999999999999997e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  71.1 
 
 
223 aa  333  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  69.72 
 
 
225 aa  330  8e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  69.27 
 
 
225 aa  330  2e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  72.07 
 
 
225 aa  325  3e-88  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  68.02 
 
 
226 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  66.96 
 
 
226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  67.41 
 
 
226 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  63.27 
 
 
266 aa  301  5.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  66.06 
 
 
228 aa  300  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  64.89 
 
 
226 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  64.89 
 
 
226 aa  299  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  64.89 
 
 
226 aa  299  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  64.44 
 
 
226 aa  298  6e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  64 
 
 
226 aa  297  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  64.44 
 
 
226 aa  295  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  64 
 
 
226 aa  293  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  64 
 
 
226 aa  293  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  64 
 
 
226 aa  293  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  63.56 
 
 
225 aa  293  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  65.77 
 
 
225 aa  292  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  63.51 
 
 
225 aa  285  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1243  ribonuclease III  65.4 
 
 
225 aa  276  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000271922  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  56.39 
 
 
227 aa  272  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  61.57 
 
 
226 aa  270  9e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  57.47 
 
 
229 aa  258  7e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  55.76 
 
 
228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  59.22 
 
 
227 aa  249  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  52.97 
 
 
233 aa  248  8e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  54.34 
 
 
226 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  58.8 
 
 
227 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13780  ribonuclease III  57.21 
 
 
229 aa  244  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4374  ribonuclease III  55.2 
 
 
229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4749  ribonuclease III  57.08 
 
 
229 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190764  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  56.34 
 
 
229 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  55.45 
 
 
229 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  55.45 
 
 
229 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54330  ribonuclease III  56.73 
 
 
229 aa  240  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1433  ribonuclease III  55.5 
 
 
229 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00353608  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4288  ribonuclease III  55.5 
 
 
229 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  57.62 
 
 
233 aa  238  4e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1073  ribonuclease III  56.25 
 
 
229 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  55.81 
 
 
230 aa  234  9e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  54.5 
 
 
229 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  50.23 
 
 
233 aa  231  5e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  49.77 
 
 
233 aa  228  4e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  53.15 
 
 
228 aa  228  6e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  51.16 
 
 
227 aa  227  1e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  53.46 
 
 
256 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  52.97 
 
 
256 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  53.7 
 
 
230 aa  226  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  51.13 
 
 
234 aa  224  7e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  53.52 
 
 
222 aa  224  7e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  50.68 
 
 
224 aa  224  9e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  54.25 
 
 
263 aa  223  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  51.34 
 
 
243 aa  223  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  50.7 
 
 
227 aa  224  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  50.23 
 
 
224 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  51.87 
 
 
222 aa  223  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  52.51 
 
 
256 aa  221  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  49.77 
 
 
226 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  49.77 
 
 
226 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  53.43 
 
 
256 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  54.07 
 
 
226 aa  217  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  52.43 
 
 
256 aa  217  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  51.98 
 
 
441 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2899  ribonuclease III  53 
 
 
418 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.560315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  53 
 
 
428 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  52.5 
 
 
406 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  48.37 
 
 
226 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  51.49 
 
 
467 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  51.49 
 
 
467 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  51.49 
 
 
467 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1014  ribonuclease III  52.76 
 
 
425 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1010  ribonuclease III  52.76 
 
 
425 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316011  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  51.49 
 
 
467 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  51.49 
 
 
467 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>