More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0734 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  100 
 
 		 233 aa  481  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  55.8 
 
 		 226 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  55.11 
 
 		 226 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  56 
 
 		 225 aa  260  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  54.5 
 
 		 225 aa  259  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  54.67 
 
 		 226 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  55.36 
 
 		 226 aa  258  4e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  54.67 
 
 		 226 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  54.67 
 
 		 226 aa  258  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  55.96 
 
 		 225 aa  257  8e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  54.22 
 
 		 226 aa  257  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  54.05 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  53.78 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  53.78 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  55.36 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  53.1 
 
 		 226 aa  255  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  52.89 
 
 		 226 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  54.95 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  56.25 
 
 		 229 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  52.53 
 
 		 223 aa  247  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  53.78 
 
 		 227 aa  246  3e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  53.88 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  53.33 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  53.42 
 
 		 226 aa  237  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1243  ribonuclease III  54.5 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000271922  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  50.89 
 
 		 228 aa  236  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  52.97 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  53.42 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  53.42 
 
 		 226 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  53.42 
 
 		 245 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  53.42 
 
 		 245 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  53.42 
 
 		 245 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  53.42 
 
 		 226 aa  233  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  53.42 
 
 		 245 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  53.42 
 
 		 245 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  50.23 
 
 		 266 aa  231  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1204  ribonuclease III  53.42 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.401784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  51.94 
 
 		 227 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  50.23 
 
 		 228 aa  228  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  50.45 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  50.45 
 
 		 224 aa  224  6e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  51.39 
 
 		 256 aa  223  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  50.93 
 
 		 256 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3669  ribonuclease III  53.88 
 
 		 226 aa  221  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4749  ribonuclease III  51.92 
 
 		 229 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190764  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54330  ribonuclease III  51.92 
 
 		 229 aa  221  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  49.55 
 
 		 233 aa  220  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  53.24 
 
 		 256 aa  220  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  50.46 
 
 		 256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  53.52 
 
 		 233 aa  218  7e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4374  ribonuclease III  50.69 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  49.11 
 
 		 233 aa  217  1e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1136  ribonuclease III  52.51 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0329439  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1189  ribonuclease III  52.51 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.17286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3611  ribonuclease III  52.51 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1433  ribonuclease III  50.23 
 
 		 229 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00353608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4288  ribonuclease III  50.23 
 
 		 229 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  51.85 
 
 		 256 aa  215  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  47.96 
 
 		 226 aa  214  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13780  ribonuclease III  51.43 
 
 		 229 aa  214  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  50.69 
 
 		 228 aa  214  8e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  51.2 
 
 		 229 aa  214  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  47.69 
 
 		 243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  50.74 
 
 		 248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  50.74 
 
 		 248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  50.24 
 
 		 229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  50.72 
 
 		 229 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  50.24 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  48.13 
 
 		 222 aa  210  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  49.53 
 
 		 263 aa  210  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  47.66 
 
 		 227 aa  208  5e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1073  ribonuclease III  49.29 
 
 		 229 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  48.85 
 
 		 234 aa  207  9e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1730  ribonuclease III  50.25 
 
 		 469 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58141  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  50.25 
 
 		 467 aa  205  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  49.75 
 
 		 441 aa  205  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4246  ribonuclease III  50.25 
 
 		 408 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2899  ribonuclease III  49.25 
 
 		 418 aa  204  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.560315 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  49.75 
 
 		 406 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  46.73 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1092  ribonuclease III  50 
 
 		 409 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  51.71 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0654  ribonuclease III  50 
 
 		 409 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.988138  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1134  ribonuclease III  50 
 
 		 409 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  49.32 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  48.85 
 
 		 227 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>