More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4683 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  100 
 
 		 368 aa  731    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  84.91 
 
 		 271 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  82.7 
 
 		 271 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  84.82 
 
 		 272 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  82.82 
 
 		 272 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  81.59 
 
 		 266 aa  363  4e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  82.4 
 
 		 266 aa  361  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  54.3 
 
 		 235 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  57.21 
 
 		 236 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  54.05 
 
 		 235 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  51.72 
 
 		 259 aa  219  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  50.88 
 
 		 256 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  50.88 
 
 		 256 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  52.25 
 
 		 244 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  50.44 
 
 		 256 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  50.64 
 
 		 244 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  48.67 
 
 		 239 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  47.53 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  47.25 
 
 		 221 aa  192  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  48.23 
 
 		 239 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  48.58 
 
 		 227 aa  189  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  45.62 
 
 		 235 aa  188  1e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  46.85 
 
 		 238 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  47.27 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  48.8 
 
 		 229 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  45.05 
 
 		 228 aa  183  4.0000000000000006e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  48.33 
 
 		 229 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  48.33 
 
 		 229 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  45.45 
 
 		 257 aa  180  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  45.45 
 
 		 245 aa  180  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  44.98 
 
 		 234 aa  179  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  47.26 
 
 		 229 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  42.47 
 
 		 241 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  41.96 
 
 		 234 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  43.84 
 
 		 221 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  43.44 
 
 		 238 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  41.55 
 
 		 249 aa  162  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  39.38 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  39.09 
 
 		 226 aa  161  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  44.39 
 
 		 242 aa  160  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  38.81 
 
 		 226 aa  158  1e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  42.25 
 
 		 228 aa  153  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  40 
 
 		 263 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  39.09 
 
 		 256 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  41.36 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  39.09 
 
 		 256 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  38.64 
 
 		 256 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  41.82 
 
 		 252 aa  149  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  40.48 
 
 		 233 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  39.64 
 
 		 233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  40.62 
 
 		 230 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  40.91 
 
 		 226 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  40.91 
 
 		 226 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  42.27 
 
 		 228 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  39.27 
 
 		 233 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  38.64 
 
 		 225 aa  144  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  38.76 
 
 		 246 aa  143  4e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  37.73 
 
 		 225 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  36.57 
 
 		 222 aa  142  9e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  37.96 
 
 		 233 aa  142  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  39.07 
 
 		 226 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  40.72 
 
 		 228 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  37.73 
 
 		 225 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  37.96 
 
 		 233 aa  140  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  39.46 
 
 		 224 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  42.52 
 
 		 228 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  39.37 
 
 		 228 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  40.74 
 
 		 225 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  36.12 
 
 		 266 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  39.01 
 
 		 225 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  39.01 
 
 		 225 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  37.76 
 
 		 467 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1213  ribonuclease III  42.27 
 
 		 226 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1730  ribonuclease III  37.76 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58141  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  38.64 
 
 		 227 aa  139  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  38.84 
 
 		 243 aa  138  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1366  ribonuclease III  42.86 
 
 		 281 aa  138  2e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0216195  normal  0.417724 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  39.13 
 
 		 263 aa  138  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  38.53 
 
 		 222 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  37.16 
 
 		 228 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4246  ribonuclease III  37.76 
 
 		 408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  40.2 
 
 		 228 aa  137  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  40.2 
 
 		 228 aa  137  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  37.5 
 
 		 256 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  37.24 
 
 		 441 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  38.36 
 
 		 247 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1014  ribonuclease III  37.24 
 
 		 425 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  37.24 
 
 		 406 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0654  ribonuclease III  37.76 
 
 		 409 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.988138  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1010  ribonuclease III  37.24 
 
 		 425 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316011  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1134  ribonuclease III  37.76 
 
 		 409 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1092  ribonuclease III  37.76 
 
 		 409 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684574  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  35.48 
 
 		 224 aa  135  9e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  40.09 
 
 		 226 aa  135  9e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>