More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2640 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2640  ribonuclease III  100 
 
 		 272 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  83.03 
 
 		 271 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  83.39 
 
 		 271 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  76.92 
 
 		 272 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4683  ribonuclease III  84.82 
 
 		 368 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636266  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2251  ribonuclease III  77.61 
 
 		 266 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.305746  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1918  ribonuclease III  75.86 
 
 		 266 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.669421 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3881  ribonuclease III  57.66 
 
 		 236 aa  248  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2441  ribonuclease III  53.85 
 
 		 235 aa  243  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  52.86 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2274  ribonuclease III  51.09 
 
 		 256 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2549  Ribonuclease III  51.09 
 
 		 256 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  0.0357847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  48.03 
 
 		 259 aa  216  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2232  Ribonuclease III  50.22 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0797386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6614  ribonuclease III  52.25 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.347732 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7363  ribonuclease III  50.21 
 
 		 244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.31065  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  50.93 
 
 		 227 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1571  ribonuclease III  46.85 
 
 		 228 aa  191  8e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.325561  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0661  ribonuclease III  48.02 
 
 		 245 aa  191  9e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0654  ribonuclease III  48.02 
 
 		 257 aa  191  1e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1151  ribonuclease III  47.52 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1852  RNAse III  47.71 
 
 		 221 aa  188  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0473  ribonuclease III  46.05 
 
 		 235 aa  187  2e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.270178  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0998  ribonuclease III  47.11 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.272125  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0682  ribonuclease III  46.09 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2874  ribonuclease III  46.85 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2627  ribonuclease III  47.16 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273317  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2571  ribonuclease III  50.24 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.125907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1449  ribonuclease III  46.36 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558128  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1675  RNAse III  48.8 
 
 		 229 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0308  ribonuclease III  48.8 
 
 		 229 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0200  ribonuclease III  48.26 
 
 		 229 aa  168  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0209  RNAse III  42.92 
 
 		 234 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0950  ribonuclease III  43.5 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.812392  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2559  RNAse III  45.85 
 
 		 242 aa  162  7e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190947  hitchhiker  0.00165454 
 
 
-
 
NC_002978  WD1240  ribonuclease III  38.94 
 
 		 232 aa  162  8.000000000000001e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  40.91 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0419  ribonuclease III  42.4 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0373  Ribonuclease III  42.41 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  0.561296 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1196  ribonuclease III  43.66 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0711323  decreased coverage  0.00493903 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  39.45 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0250  ribonuclease III  43.32 
 
 		 221 aa  153  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  39.73 
 
 		 256 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  39.73 
 
 		 256 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  39.74 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1807  ribonuclease III  42.34 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158054  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  39.73 
 
 		 256 aa  148  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  41.43 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  41.18 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5261  ribonuclease III  41.7 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48838  normal  0.851553 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3061  ribonuclease III  39.13 
 
 		 233 aa  146  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.488602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3635  ribonuclease III  39.13 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  40.97 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  40.97 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  38.99 
 
 		 225 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  42.4 
 
 		 226 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  39.55 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  36.94 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1402  ribonuclease III  41.63 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.922239  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3267  ribonuclease III  41.78 
 
 		 228 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0395589 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0918  ribonuclease III  37.33 
 
 		 222 aa  140  3e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.300487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2620  ribonuclease III  40.2 
 
 		 228 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  39.53 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  37.67 
 
 		 233 aa  139  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  38.6 
 
 		 226 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  38.43 
 
 		 233 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  41.59 
 
 		 228 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  37.98 
 
 		 256 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  39.01 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  39.01 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  39.01 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  38.64 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1743  ribonuclease III  41.1 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00285294  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  39.61 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  40.27 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  39.73 
 
 		 222 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  37.95 
 
 		 441 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3238  ribonuclease III  38.3 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.257375  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  40.28 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  35.89 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  37.68 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  37.5 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  37.98 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  37.98 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  37.98 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  37.98 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  37.98 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  41.15 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  39.72 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1272  ribonuclease III  37.56 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.812547  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  37.5 
 
 		 226 aa  135  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>