More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0231 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0231  ribonuclease III  100 
 
 		 263 aa  539  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.933376  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  40.77 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  39.56 
 
 		 228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1502  ribonuclease III  37.12 
 
 		 231 aa  149  6e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00547993  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  39.64 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  36.53 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1708  ribonuclease III  40.27 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0152797  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  37.38 
 
 		 236 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  35.4 
 
 		 236 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  37.56 
 
 		 225 aa  143  3e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  37.1 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0908  ribonuclease III  36.84 
 
 		 248 aa  141  9e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000640181  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3455  ribonuclease III  37.39 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.690337  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  37.1 
 
 		 224 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2065  ribonuclease III  35.14 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_897  ribonuclease III  37.28 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000334707  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  38.54 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1403  RNase III  38.01 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000749592  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  34.05 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1025  ribonuclease III  36.84 
 
 		 237 aa  138  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00427221  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  30.7 
 
 		 233 aa  138  1e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3203  ribonuclease III  39.56 
 
 		 232 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000725651  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  34.68 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1714  ribonuclease III  34.75 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  35.16 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  36.44 
 
 		 235 aa  136  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  34.82 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  34.53 
 
 		 246 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  37.67 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2317  ribonuclease III:double-stranded RNA binding  34.76 
 
 		 246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.458623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1060  ribonuclease III  40 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.2378e-17 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0645  ribonuclease III  36.16 
 
 		 235 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0482466  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  40.69 
 
 		 246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  37.67 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0598  ribonuclease III  36.56 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243515 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1363  Ribonuclease III  35.87 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000482904  normal  0.16151 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  38.99 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0212  ribonuclease III  37.77 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  30.67 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  37.44 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  34.82 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0380  ribonuclease III  35.93 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.492905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1609  ribonuclease III  36.94 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.425776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2899  ribonuclease III  40.31 
 
 		 418 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.560315 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  36.41 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  37.67 
 
 		 256 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2170  ribonuclease III  39.79 
 
 		 406 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290031  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  36.68 
 
 		 243 aa  132  5e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1666  ribonuclease III  36.11 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.0114969 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1789  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0543  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.610514  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2024  ribonuclease III  36.07 
 
 		 226 aa  132  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1730  ribonuclease III  39.79 
 
 		 469 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.58141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  39.27 
 
 		 441 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2840  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1494  ribonuclease III  35.27 
 
 		 222 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4246  ribonuclease III  39.79 
 
 		 408 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  39.79 
 
 		 467 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  39.79 
 
 		 428 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1975  ribonuclease III  35.59 
 
 		 227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1690  ribonuclease III  34.91 
 
 		 241 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00872848  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05680  ribonuclease III  39.19 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0033442  normal  0.77116 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  34.48 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  39.63 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0799  ribonuclease III  34.89 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.807465  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1010  ribonuclease III  39.27 
 
 		 425 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316011  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2293  ribonuclease III  37.04 
 
 		 240 aa  129  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.051216  hitchhiker  0.000715248 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1014  ribonuclease III  39.27 
 
 		 425 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1183  ribonuclease III  36.49 
 
 		 259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192839  normal  0.0311814 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  35.75 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0512  Ribonuclease III  35.02 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1974  ribonuclease III  37.12 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1641  ribonuclease III  35.17 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3813  Ribonuclease III  37.26 
 
 		 262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000119761  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1092  ribonuclease III  39.27 
 
 		 409 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.684574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0654  ribonuclease III  39.27 
 
 		 409 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.988138  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  37.27 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1134  ribonuclease III  39.27 
 
 		 409 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  37.16 
 
 		 271 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0991  Ribonuclease III  35.89 
 
 		 235 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396159 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1292  ribonuclease III  35.75 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  37.22 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1317  ribonuclease III  35.75 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  37.67 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  34.51 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  36.74 
 
 		 228 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  34.48 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1054  ribonuclease III  36.53 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0157951  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0243  ribonuclease III  35.94 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0530001 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11290  RNAse III  35.84 
 
 		 234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  35.81 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  35.24 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  34.48 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0847  ribonuclease III  36.07 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  33.18 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0522  ribonuclease III  34.08 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  36.53 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>