More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2307 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  100 
 
 		 335 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  69.85 
 
 		 335 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  66.67 
 
 		 333 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  55.12 
 
 		 336 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  53.39 
 
 		 341 aa  360  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  52.8 
 
 		 341 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  52.84 
 
 		 352 aa  350  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  51.64 
 
 		 345 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  51.94 
 
 		 339 aa  344  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  51.32 
 
 		 350 aa  343  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  51.18 
 
 		 338 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  51.33 
 
 		 343 aa  342  7e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  48.52 
 
 		 336 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  45.66 
 
 		 343 aa  312  3.9999999999999997e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  48.42 
 
 		 314 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  45.8 
 
 		 371 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  43.8 
 
 		 394 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  49.1 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  46.04 
 
 		 332 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  43.57 
 
 		 405 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  45.24 
 
 		 338 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  41.57 
 
 		 347 aa  259  4e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  42.09 
 
 		 345 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  41.92 
 
 		 335 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  40.18 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  39.31 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  37.46 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  39.64 
 
 		 327 aa  232  6e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  38.14 
 
 		 375 aa  229  7e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  37.72 
 
 		 331 aa  228  9e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  38.51 
 
 		 326 aa  222  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  39.04 
 
 		 326 aa  219  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  34.94 
 
 		 337 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  46.94 
 
 		 258 aa  208  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  46.93 
 
 		 191 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  56.41 
 
 		 121 aa  143  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  42.39 
 
 		 172 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  63.16 
 
 		 164 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  56.36 
 
 		 126 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  27.25 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  34.04 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  34.04 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  30.53 
 
 		 367 aa  92.8  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  33.05 
 
 		 315 aa  89.7  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  27.67 
 
 		 348 aa  87  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  30.84 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  28.19 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  26.98 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  31.08 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  30.91 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  32.46 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  30.91 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  28.01 
 
 		 413 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.12 
 
 		 402 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  26.93 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  27.27 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  24.34 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.46 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.48 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1523  putative integrase  43.68 
 
 		 88 aa  76.3  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  28.42 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  28.42 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  28.42 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  28.42 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.07 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  28.79 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  30.88 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  27.31 
 
 		 387 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  30.13 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  28.47 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  28.38 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  28.89 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  29.3 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  28.38 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  29.3 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  29.3 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  27.73 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  29.3 
 
 		 451 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  27.8 
 
 		 407 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  30 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  28.12 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.93 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5613  hypothetical protein  27.3 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.41 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  30 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  28.51 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  25.07 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  30 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  31.29 
 
 		 172 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  31.41 
 
 		 159 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  26.64 
 
 		 304 aa  67  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  27.15 
 
 		 310 aa  67  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.38 
 
 		 297 aa  67  0.0000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  27.59 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  28.12 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  24.49 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  27.65 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  24.69 
 
 		 379 aa  65.5  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  26.28 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>