More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0248 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  36.35 
 
 		 1539 aa  729    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  34.46 
 
 		 1492 aa  697    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  51.94 
 
 		 1579 aa  1220    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  35.93 
 
 		 1593 aa  785    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  38.27 
 
 		 1543 aa  807    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  36.04 
 
 		 1539 aa  728    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  38.2 
 
 		 1552 aa  808    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  100 
 
 		 1434 aa  2935    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  56.24 
 
 		 1428 aa  1210    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  34.43 
 
 		 1466 aa  699    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  59.01 
 
 		 613 aa  629  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  29.42 
 
 		 1531 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  30.17 
 
 		 1550 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  30.36 
 
 		 1560 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  29.73 
 
 		 1520 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  29.92 
 
 		 1547 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  30.47 
 
 		 1551 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.76 
 
 		 1485 aa  386  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  27.36 
 
 		 1401 aa  387  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  30.33 
 
 		 1527 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  29.16 
 
 		 1586 aa  381  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  27.81 
 
 		 1368 aa  371  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1197 aa  365  4e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  28.79 
 
 		 1614 aa  358  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  29.66 
 
 		 1362 aa  355  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  27.83 
 
 		 1609 aa  355  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  28.77 
 
 		 1576 aa  353  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.53 
 
 		 1259 aa  353  1e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  28.66 
 
 		 1573 aa  351  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.8 
 
 		 1572 aa  341  5e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  28.69 
 
 		 1554 aa  335  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  27.45 
 
 		 1611 aa  334  7.000000000000001e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  28.28 
 
 		 1348 aa  333  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  27.84 
 
 		 1528 aa  327  7e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  26.57 
 
 		 1699 aa  326  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  28.21 
 
 		 1586 aa  320  9e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  28.74 
 
 		 1489 aa  320  1e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  28.21 
 
 		 1595 aa  320  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.36 
 
 		 1509 aa  319  3e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  26.58 
 
 		 1411 aa  318  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  28.68 
 
 		 1602 aa  317  7e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.63 
 
 		 1626 aa  317  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  29.66 
 
 		 1488 aa  317  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0770  YD repeat-containing protein  33.12 
 
 		 693 aa  316  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.163533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  28.97 
 
 		 1508 aa  315  5.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  28.69 
 
 		 1568 aa  314  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00291  RHS Repeat family  51.6 
 
 		 412 aa  313  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.132267  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  27.9 
 
 		 1673 aa  311  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  27.69 
 
 		 1679 aa  307  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  27.27 
 
 		 1421 aa  306  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  28.65 
 
 		 1518 aa  303  2e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  28.35 
 
 		 1446 aa  298  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  28.36 
 
 		 1495 aa  297  9e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  27.29 
 
 		 1583 aa  293  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  26.8 
 
 		 1639 aa  291  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  25.61 
 
 		 1409 aa  289  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  29.69 
 
 		 1528 aa  286  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.37 
 
 		 1527 aa  286  3.0000000000000004e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 		 1189 aa  283  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.44 
 
 		 1400 aa  284  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.85 
 
 		 1981 aa  282  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.2 
 
 		 1385 aa  282  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  25.9 
 
 		 1386 aa  281  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  29.05 
 
 		 924 aa  279  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  26.84 
 
 		 1410 aa  279  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.95 
 
 		 1352 aa  278  5e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  26.04 
 
 		 1429 aa  274  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  28.72 
 
 		 1517 aa  271  5.9999999999999995e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  28.75 
 
 		 2144 aa  270  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  23.92 
 
 		 1384 aa  268  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  26.56 
 
 		 1428 aa  268  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.72 
 
 		 1604 aa  267  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1418 aa  266  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  26.25 
 
 		 1447 aa  264  8e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  26.27 
 
 		 1475 aa  263  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  29.99 
 
 		 1319 aa  263  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  26.72 
 
 		 1390 aa  263  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0462  YD repeat-containing protein  43.27 
 
 		 352 aa  262  4e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.756225  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1609  YD repeat-containing protein  42.98 
 
 		 348 aa  261  7e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1792  YD repeat-containing protein  42.98 
 
 		 348 aa  261  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.227953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  29.82 
 
 		 1317 aa  260  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  26.53 
 
 		 1402 aa  258  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  26.74 
 
 		 1457 aa  256  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0412  YD repeat-containing protein  43.24 
 
 		 342 aa  255  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0858889  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  29 
 
 		 1494 aa  256  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  29 
 
 		 1494 aa  256  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  25.74 
 
 		 1229 aa  255  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  28.91 
 
 		 1487 aa  254  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  28.35 
 
 		 1398 aa  253  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 		 1553 aa  253  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  26.27 
 
 		 1423 aa  252  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  28.86 
 
 		 1410 aa  252  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  28.04 
 
 		 1495 aa  251  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.75 
 
 		 2096 aa  249  3e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  27.14 
 
 		 1415 aa  249  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  25.76 
 
 		 1437 aa  245  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  25.72 
 
 		 1541 aa  244  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  28.64 
 
 		 931 aa  244  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  25.74 
 
 		 1308 aa  244  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  25.54 
 
 		 1365 aa  243  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>